Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC26.22■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC26.21■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC26.2■■□□□ 1.79
LIMCH1Q9UPQ0 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC26.2■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC26.18■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC26.14■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
LIMCH1Q9UPQ0 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
LIMCH1Q9UPQ0 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.5 ms