Protein–RNA interactions for Protein: Q9H9Y2

RPF1, Ribosome production factor 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 349 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPF1Q9H9Y2 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC24.09■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
RPF1Q9H9Y2 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC24.06■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC24.05■■□□□ 1.44
RPF1Q9H9Y2 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.3 ms