Protein–RNA interactions for Protein: Q96DZ5

CLIP3, CAP-Gly domain-containing linker protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP3Q96DZ5 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC21.3■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC21.3■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC21.28■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC21.27■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC21.27■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CLIP3Q96DZ5 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.6 ms