Protein–RNA interactions for Protein: Q53GG5

PDLIM3, PDZ and LIM domain protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 364 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM3Q53GG5 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC18.28■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC18.28■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
PDLIM3Q53GG5 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC18.27■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 KDM2A-202ENST00000398645 6511 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC18.26■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 FLT1-209ENST00000639477 6337 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC18.24■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
PDLIM3Q53GG5 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.2 ms