Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC16.14■□□□□ 0.18
COL7A1Q02388 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.9 ms