Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC20.09■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
HIF3AQ9Y2N7 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC20.08■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC20.08■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
HIF3AQ9Y2N7 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.2 ms