Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC21.58■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.8 ms