Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CHD9Q3L8U1 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC24■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC24■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC24■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CHD9Q3L8U1 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
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