Protein–RNA interactions for Protein: P49711

CTCF, Transcriptional repressor CTCF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTCFP49711 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CTCFP49711 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CTCFP49711 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CTCFP49711 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CTCFP49711 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CTCFP49711 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CTCFP49711 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CTCFP49711 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CTCFP49711 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CTCFP49711 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
CTCFP49711 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CTCFP49711 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CTCFP49711 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CTCFP49711 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CTCFP49711 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CTCFP49711 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CTCFP49711 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CTCFP49711 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CTCFP49711 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CTCFP49711 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CTCFP49711 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CTCFP49711 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
CTCFP49711 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC26.1■■□□□ 1.77
CTCFP49711 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CTCFP49711 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CTCFP49711 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CTCFP49711 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CTCFP49711 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CTCFP49711 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CTCFP49711 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CTCFP49711 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
CTCFP49711 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC26.08■■□□□ 1.77
CTCFP49711 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CTCFP49711 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
CTCFP49711 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
CTCFP49711 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CTCFP49711 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CTCFP49711 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CTCFP49711 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CTCFP49711 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CTCFP49711 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CTCFP49711 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CTCFP49711 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CTCFP49711 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CTCFP49711 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CTCFP49711 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CTCFP49711 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CTCFP49711 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CTCFP49711 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CTCFP49711 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CTCFP49711 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CTCFP49711 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CTCFP49711 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CTCFP49711 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CTCFP49711 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CTCFP49711 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CTCFP49711 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CTCFP49711 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
CTCFP49711 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CTCFP49711 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CTCFP49711 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CTCFP49711 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CTCFP49711 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CTCFP49711 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CTCFP49711 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CTCFP49711 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CTCFP49711 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CTCFP49711 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CTCFP49711 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CTCFP49711 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CTCFP49711 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CTCFP49711 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CTCFP49711 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CTCFP49711 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CTCFP49711 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CTCFP49711 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CTCFP49711 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CTCFP49711 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CTCFP49711 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CTCFP49711 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CTCFP49711 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CTCFP49711 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CTCFP49711 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CTCFP49711 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CTCFP49711 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CTCFP49711 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CTCFP49711 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CTCFP49711 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CTCFP49711 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CTCFP49711 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
CTCFP49711 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CTCFP49711 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CTCFP49711 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CTCFP49711 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CTCFP49711 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CTCFP49711 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CTCFP49711 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CTCFP49711 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CTCFP49711 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
CTCFP49711 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.2 ms