Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SHMT2P34897 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SHMT2P34897 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC21.73■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.9 ms