Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC25.73■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC25.73■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
SMARCA1P28370 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC25.7■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC25.69■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC25.69■■□□□ 1.7
SMARCA1P28370 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.8 ms