Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC21.21■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC21.21■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
ATG4BQ9Y4P1 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC21.19■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC21.18■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC21.15■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC21.14■□□□□ 0.98
ATG4BQ9Y4P1 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC21.14■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC21.14■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC21.13■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.2 ms