Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS29Q9UBQ0 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS29Q9UBQ0 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS29Q9UBQ0 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS29Q9UBQ0 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS29Q9UBQ0 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS29Q9UBQ0 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS29Q9UBQ0 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS29Q9UBQ0 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS29Q9UBQ0 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS29Q9UBQ0 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS29Q9UBQ0 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS29Q9UBQ0 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS29Q9UBQ0 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS29Q9UBQ0 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS29Q9UBQ0 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS29Q9UBQ0 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS29Q9UBQ0 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS29Q9UBQ0 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS29Q9UBQ0 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS29Q9UBQ0 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS29Q9UBQ0 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS29Q9UBQ0 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS29Q9UBQ0 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS29Q9UBQ0 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS29Q9UBQ0 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS29Q9UBQ0 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS29Q9UBQ0 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS29Q9UBQ0 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS29Q9UBQ0 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS29Q9UBQ0 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS29Q9UBQ0 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS29Q9UBQ0 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS29Q9UBQ0 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS29Q9UBQ0 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS29Q9UBQ0 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS29Q9UBQ0 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 330.8 ms