Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS54Q9P1Q0 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS54Q9P1Q0 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS54Q9P1Q0 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19 ms