Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SCN3AQ9NY46 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SCN3AQ9NY46 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.5 ms