Protein–RNA interactions for Protein: P49917

LIG4, DNA ligase 4, humanhuman

Predictions only

Length 911 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG4P49917 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
LIG4P49917 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
LIG4P49917 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
LIG4P49917 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIG4P49917 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIG4P49917 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIG4P49917 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIG4P49917 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIG4P49917 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIG4P49917 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIG4P49917 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIG4P49917 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIG4P49917 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIG4P49917 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIG4P49917 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIG4P49917 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIG4P49917 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIG4P49917 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIG4P49917 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIG4P49917 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIG4P49917 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIG4P49917 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIG4P49917 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIG4P49917 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIG4P49917 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIG4P49917 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
LIG4P49917 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
LIG4P49917 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
LIG4P49917 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIG4P49917 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIG4P49917 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG4P49917 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG4P49917 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG4P49917 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG4P49917 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG4P49917 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG4P49917 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG4P49917 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG4P49917 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIG4P49917 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIG4P49917 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIG4P49917 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIG4P49917 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIG4P49917 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIG4P49917 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIG4P49917 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIG4P49917 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIG4P49917 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIG4P49917 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIG4P49917 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIG4P49917 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIG4P49917 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIG4P49917 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIG4P49917 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIG4P49917 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIG4P49917 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIG4P49917 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
LIG4P49917 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIG4P49917 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIG4P49917 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
LIG4P49917 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIG4P49917 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIG4P49917 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIG4P49917 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIG4P49917 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIG4P49917 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIG4P49917 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
LIG4P49917 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIG4P49917 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIG4P49917 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIG4P49917 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIG4P49917 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIG4P49917 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.51
LIG4P49917 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIG4P49917 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIG4P49917 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIG4P49917 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIG4P49917 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIG4P49917 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
LIG4P49917 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
LIG4P49917 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIG4P49917 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIG4P49917 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIG4P49917 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
LIG4P49917 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIG4P49917 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIG4P49917 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIG4P49917 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIG4P49917 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIG4P49917 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIG4P49917 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIG4P49917 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIG4P49917 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIG4P49917 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIG4P49917 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIG4P49917 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIG4P49917 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIG4P49917 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
LIG4P49917 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
LIG4P49917 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.5 ms