Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
BRCA1P38398 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
BRCA1P38398 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
BRCA1P38398 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
BRCA1P38398 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
BRCA1P38398 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
BRCA1P38398 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC27.87■■■□□ 2.05
BRCA1P38398 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
BRCA1P38398 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
BRCA1P38398 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
BRCA1P38398 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
BRCA1P38398 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
BRCA1P38398 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
BRCA1P38398 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
BRCA1P38398 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
BRCA1P38398 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
BRCA1P38398 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
BRCA1P38398 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
BRCA1P38398 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
BRCA1P38398 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
BRCA1P38398 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
BRCA1P38398 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC27.85■■■□□ 2.05
BRCA1P38398 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
BRCA1P38398 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
BRCA1P38398 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
BRCA1P38398 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
BRCA1P38398 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
BRCA1P38398 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC27.84■■■□□ 2.05
BRCA1P38398 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC27.84■■■□□ 2.05
BRCA1P38398 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC27.84■■■□□ 2.05
BRCA1P38398 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
BRCA1P38398 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
BRCA1P38398 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
BRCA1P38398 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
BRCA1P38398 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
BRCA1P38398 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
BRCA1P38398 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
BRCA1P38398 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC27.82■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC27.82■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC27.82■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC27.81■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC27.81■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC27.81■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC27.8■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC27.8■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC27.8■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC27.8■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC27.77■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC27.76■■■□□ 2.04
BRCA1P38398 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
BRCA1P38398 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.3 ms