Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC25.87■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC25.87■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC25.85■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC25.84■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.84■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
SMARCA1P28370 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.78■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
SMARCA1P28370 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.1 ms