Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
RPUSD4Q96CM3 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
RPUSD4Q96CM3 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
RPUSD4Q96CM3 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
RPUSD4Q96CM3 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
RPUSD4Q96CM3 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
RPUSD4Q96CM3 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
RPUSD4Q96CM3 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
RPUSD4Q96CM3 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
RPUSD4Q96CM3 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
RPUSD4Q96CM3 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
RPUSD4Q96CM3 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
RPUSD4Q96CM3 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
RPUSD4Q96CM3 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
RPUSD4Q96CM3 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
RPUSD4Q96CM3 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
RPUSD4Q96CM3 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC21.82■■□□□ 1.08
RPUSD4Q96CM3 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
RPUSD4Q96CM3 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
RPUSD4Q96CM3 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
RPUSD4Q96CM3 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
RPUSD4Q96CM3 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC21.8■■□□□ 1.08
RPUSD4Q96CM3 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
RPUSD4Q96CM3 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
RPUSD4Q96CM3 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
RPUSD4Q96CM3 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
RPUSD4Q96CM3 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
RPUSD4Q96CM3 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
RPUSD4Q96CM3 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
RPUSD4Q96CM3 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
RPUSD4Q96CM3 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
RPUSD4Q96CM3 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
RPUSD4Q96CM3 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
RPUSD4Q96CM3 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
RPUSD4Q96CM3 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
RPUSD4Q96CM3 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
RPUSD4Q96CM3 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
RPUSD4Q96CM3 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
RPUSD4Q96CM3 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
RPUSD4Q96CM3 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
RPUSD4Q96CM3 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
RPUSD4Q96CM3 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
RPUSD4Q96CM3 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
RPUSD4Q96CM3 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
RPUSD4Q96CM3 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
RPUSD4Q96CM3 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
RPUSD4Q96CM3 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
RPUSD4Q96CM3 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
RPUSD4Q96CM3 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
RPUSD4Q96CM3 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
RPUSD4Q96CM3 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
RPUSD4Q96CM3 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
RPUSD4Q96CM3 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
RPUSD4Q96CM3 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
RPUSD4Q96CM3 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
RPUSD4Q96CM3 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
RPUSD4Q96CM3 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
RPUSD4Q96CM3 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
RPUSD4Q96CM3 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
RPUSD4Q96CM3 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
RPUSD4Q96CM3 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC21.59■■□□□ 1.05
RPUSD4Q96CM3 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
RPUSD4Q96CM3 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
RPUSD4Q96CM3 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
RPUSD4Q96CM3 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
RPUSD4Q96CM3 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
RPUSD4Q96CM3 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
RPUSD4Q96CM3 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
RPUSD4Q96CM3 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
RPUSD4Q96CM3 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
RPUSD4Q96CM3 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
RPUSD4Q96CM3 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
RPUSD4Q96CM3 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
RPUSD4Q96CM3 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
RPUSD4Q96CM3 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
RPUSD4Q96CM3 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
RPUSD4Q96CM3 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
RPUSD4Q96CM3 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC21.52■■□□□ 1.03
RPUSD4Q96CM3 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
RPUSD4Q96CM3 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
RPUSD4Q96CM3 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
RPUSD4Q96CM3 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
RPUSD4Q96CM3 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
RPUSD4Q96CM3 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
RPUSD4Q96CM3 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
RPUSD4Q96CM3 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
RPUSD4Q96CM3 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
RPUSD4Q96CM3 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
RPUSD4Q96CM3 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
RPUSD4Q96CM3 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
RPUSD4Q96CM3 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
RPUSD4Q96CM3 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
RPUSD4Q96CM3 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
RPUSD4Q96CM3 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
RPUSD4Q96CM3 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
RPUSD4Q96CM3 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
RPUSD4Q96CM3 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
RPUSD4Q96CM3 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
RPUSD4Q96CM3 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
RPUSD4Q96CM3 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.7 ms