Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
CCDC112Q8NEF3 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
CCDC112Q8NEF3 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.52■■■□□ 2.48
CCDC112Q8NEF3 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC30.52■■■□□ 2.48
CCDC112Q8NEF3 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.52■■■□□ 2.48
CCDC112Q8NEF3 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
CCDC112Q8NEF3 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
CCDC112Q8NEF3 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.48■■■□□ 2.47
CCDC112Q8NEF3 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.48■■■□□ 2.47
CCDC112Q8NEF3 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.48■■■□□ 2.47
CCDC112Q8NEF3 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
CCDC112Q8NEF3 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.47
CCDC112Q8NEF3 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
CCDC112Q8NEF3 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
CCDC112Q8NEF3 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
CCDC112Q8NEF3 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
CCDC112Q8NEF3 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
CCDC112Q8NEF3 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC30.37■■■□□ 2.45
CCDC112Q8NEF3 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
CCDC112Q8NEF3 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC30.36■■■□□ 2.45
CCDC112Q8NEF3 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
CCDC112Q8NEF3 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
CCDC112Q8NEF3 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC30.34■■■□□ 2.45
CCDC112Q8NEF3 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
CCDC112Q8NEF3 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
CCDC112Q8NEF3 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
CCDC112Q8NEF3 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
CCDC112Q8NEF3 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC30.29■■■□□ 2.44
CCDC112Q8NEF3 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
CCDC112Q8NEF3 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
CCDC112Q8NEF3 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC30.26■■■□□ 2.43
CCDC112Q8NEF3 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
CCDC112Q8NEF3 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC30.25■■■□□ 2.43
CCDC112Q8NEF3 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC30.22■■■□□ 2.43
CCDC112Q8NEF3 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC30.21■■■□□ 2.43
CCDC112Q8NEF3 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.43
CCDC112Q8NEF3 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC30.2■■■□□ 2.43
CCDC112Q8NEF3 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.2■■■□□ 2.42
CCDC112Q8NEF3 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.42
CCDC112Q8NEF3 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.42
CCDC112Q8NEF3 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.42
CCDC112Q8NEF3 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC30.2■■■□□ 2.42
CCDC112Q8NEF3 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC30.19■■■□□ 2.42
CCDC112Q8NEF3 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC30.19■■■□□ 2.42
CCDC112Q8NEF3 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
CCDC112Q8NEF3 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
CCDC112Q8NEF3 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
CCDC112Q8NEF3 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
CCDC112Q8NEF3 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.17■■■□□ 2.42
CCDC112Q8NEF3 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC30.17■■■□□ 2.42
CCDC112Q8NEF3 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
CCDC112Q8NEF3 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC30.16■■■□□ 2.42
CCDC112Q8NEF3 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.16■■■□□ 2.42
CCDC112Q8NEF3 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
CCDC112Q8NEF3 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.15■■■□□ 2.42
CCDC112Q8NEF3 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
CCDC112Q8NEF3 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.41
CCDC112Q8NEF3 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC30.13■■■□□ 2.41
CCDC112Q8NEF3 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.12■■■□□ 2.41
CCDC112Q8NEF3 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
CCDC112Q8NEF3 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
CCDC112Q8NEF3 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
CCDC112Q8NEF3 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
CCDC112Q8NEF3 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
CCDC112Q8NEF3 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.06■■■□□ 2.4
CCDC112Q8NEF3 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
CCDC112Q8NEF3 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC30.06■■■□□ 2.4
CCDC112Q8NEF3 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
CCDC112Q8NEF3 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC30.05■■■□□ 2.4
CCDC112Q8NEF3 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC30.05■■■□□ 2.4
CCDC112Q8NEF3 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
CCDC112Q8NEF3 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
CCDC112Q8NEF3 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC30.04■■■□□ 2.4
CCDC112Q8NEF3 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC30.03■■■□□ 2.4
CCDC112Q8NEF3 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
CCDC112Q8NEF3 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.02■■■□□ 2.4
CCDC112Q8NEF3 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
CCDC112Q8NEF3 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC30.02■■■□□ 2.4
CCDC112Q8NEF3 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.4
CCDC112Q8NEF3 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
CCDC112Q8NEF3 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
CCDC112Q8NEF3 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC29.99■■■□□ 2.39
CCDC112Q8NEF3 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
CCDC112Q8NEF3 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
CCDC112Q8NEF3 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
CCDC112Q8NEF3 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
CCDC112Q8NEF3 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.92■■■□□ 2.38
CCDC112Q8NEF3 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
CCDC112Q8NEF3 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC29.9■■■□□ 2.38
CCDC112Q8NEF3 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.9■■■□□ 2.38
CCDC112Q8NEF3 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
CCDC112Q8NEF3 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC29.87■■■□□ 2.37
CCDC112Q8NEF3 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
CCDC112Q8NEF3 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
CCDC112Q8NEF3 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.86■■■□□ 2.37
CCDC112Q8NEF3 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
CCDC112Q8NEF3 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
CCDC112Q8NEF3 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
CCDC112Q8NEF3 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.8■■■□□ 2.36
CCDC112Q8NEF3 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC29.8■■■□□ 2.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.1 ms