Protein–RNA interactions for Protein: H3BMG3

SMKR1, Small lysine-rich protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 65 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMKR1H3BMG3 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SMKR1H3BMG3 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SMKR1H3BMG3 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SMKR1H3BMG3 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC20.3■□□□□ 0.84
SMKR1H3BMG3 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
SMKR1H3BMG3 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
SMKR1H3BMG3 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
SMKR1H3BMG3 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
SMKR1H3BMG3 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.83
SMKR1H3BMG3 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
SMKR1H3BMG3 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
SMKR1H3BMG3 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
SMKR1H3BMG3 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
SMKR1H3BMG3 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SMKR1H3BMG3 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SMKR1H3BMG3 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SMKR1H3BMG3 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SMKR1H3BMG3 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SMKR1H3BMG3 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SMKR1H3BMG3 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
SMKR1H3BMG3 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SMKR1H3BMG3 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SMKR1H3BMG3 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SMKR1H3BMG3 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SMKR1H3BMG3 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
SMKR1H3BMG3 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SMKR1H3BMG3 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SMKR1H3BMG3 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SMKR1H3BMG3 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SMKR1H3BMG3 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SMKR1H3BMG3 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SMKR1H3BMG3 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SMKR1H3BMG3 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SMKR1H3BMG3 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SMKR1H3BMG3 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SMKR1H3BMG3 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SMKR1H3BMG3 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SMKR1H3BMG3 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SMKR1H3BMG3 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SMKR1H3BMG3 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SMKR1H3BMG3 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SMKR1H3BMG3 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SMKR1H3BMG3 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
SMKR1H3BMG3 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SMKR1H3BMG3 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SMKR1H3BMG3 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SMKR1H3BMG3 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SMKR1H3BMG3 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SMKR1H3BMG3 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SMKR1H3BMG3 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SMKR1H3BMG3 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SMKR1H3BMG3 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SMKR1H3BMG3 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SMKR1H3BMG3 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SMKR1H3BMG3 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SMKR1H3BMG3 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
SMKR1H3BMG3 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SMKR1H3BMG3 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
SMKR1H3BMG3 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
SMKR1H3BMG3 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SMKR1H3BMG3 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
SMKR1H3BMG3 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC20.04■□□□□ 0.8
SMKR1H3BMG3 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SMKR1H3BMG3 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC20.03■□□□□ 0.8
SMKR1H3BMG3 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SMKR1H3BMG3 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
SMKR1H3BMG3 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SMKR1H3BMG3 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SMKR1H3BMG3 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
SMKR1H3BMG3 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
SMKR1H3BMG3 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
SMKR1H3BMG3 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
SMKR1H3BMG3 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
SMKR1H3BMG3 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
SMKR1H3BMG3 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
SMKR1H3BMG3 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
SMKR1H3BMG3 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
SMKR1H3BMG3 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
SMKR1H3BMG3 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
SMKR1H3BMG3 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
SMKR1H3BMG3 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
SMKR1H3BMG3 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
SMKR1H3BMG3 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
SMKR1H3BMG3 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
SMKR1H3BMG3 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
SMKR1H3BMG3 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
SMKR1H3BMG3 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC19.92■□□□□ 0.78
SMKR1H3BMG3 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
SMKR1H3BMG3 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
SMKR1H3BMG3 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
SMKR1H3BMG3 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
SMKR1H3BMG3 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
SMKR1H3BMG3 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC19.91■□□□□ 0.78
SMKR1H3BMG3 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
SMKR1H3BMG3 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
SMKR1H3BMG3 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
SMKR1H3BMG3 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
SMKR1H3BMG3 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
SMKR1H3BMG3 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
SMKR1H3BMG3 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.3 ms