Protein–RNA interactions for Protein: P67936

TPM4, Tropomyosin alpha-4 chain, humanhuman

Predictions only

Length 248 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TPM4P67936 LSM14A-201ENST00000433627 3424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 EBF2-203ENST00000520164 5145 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 PCDHA4-202ENST00000512229 4163 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 UROD-201ENST00000246337 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 PDGFA-201ENST00000354513 1308 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 CNTNAP2-225ENST00000639247 2064 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 SARS-201ENST00000234677 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 AATBC-203ENST00000448247 1889 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 ABI2-215ENST00000430418 1676 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 TMEM192-203ENST00000506087 2225 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 ADAMTSL2-201ENST00000354484 4068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 TGM1-201ENST00000206765 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 USP38-201ENST00000307017 7009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 CDC20B-203ENST00000381375 2591 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 SLX4-201ENST00000294008 7307 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 TMEM141-201ENST00000290079 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 HIST2H3D-201ENST00000331491 411 ntAPPRIS P1 BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 PRKN-201ENST00000338468 1276 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 APOD-201ENST00000343267 1130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 FGF14-202ENST00000376143 744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 FAM159B-201ENST00000389074 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 HIST2H3PS2-201ENST00000392948 411 ntAPPRIS P1 BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 FOLR1-202ENST00000393676 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 AL445430.1-201ENST00000419796 699 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 SGO1-AS1-201ENST00000441442 499 ntTSL 4 BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 AL049698.1-202ENST00000441716 757 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 SPRY4-AS1-203ENST00000443800 566 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 ZNF529-AS1-201ENST00000448373 1004 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 TSPY16P-201ENST00000449843 468 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 NUTM2A-AS1-212ENST00000458739 733 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 AC106772.1-201ENST00000506629 591 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 AF111167.2-202ENST00000558267 599 ntTSL 4 BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 RAB3D-202ENST00000589655 924 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 ADAMTSL4-AS1-203ENST00000617352 1036 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 ACIN1-204ENST00000397341 2738 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 SLC35F1-201ENST00000360388 4852 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 EIF2AK1-201ENST00000199389 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 HDLBP-204ENST00000391976 4489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 CAMKK2-205ENST00000392474 4453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 SPDYA-202ENST00000379579 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 FAM212B-AS1-201ENST00000430373 2131 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 CXCR5-201ENST00000292174 4431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 USP20-202ENST00000358355 4371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 C1S-202ENST00000360817 2635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 RTN3-210ENST00000540798 3124 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 RIMS1-201ENST00000264839 7055 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 IST1-203ENST00000378799 4843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 CAMKV-215ENST00000488336 2905 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 MYLK-204ENST00000360304 7738 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 TCF3-220ENST00000611869 4409 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
TPM4P67936 STRIP2-202ENST00000435494 2866 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
TPM4P67936 OPN4-201ENST00000241891 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
TPM4P67936 ZHX2-201ENST00000314393 4624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
TPM4P67936 PDHA1-212ENST00000540249 3277 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
TPM4P67936 GMEB2-201ENST00000266068 4559 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
TPM4P67936 PCDHGB1-201ENST00000523390 4590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
TPM4P67936 PLD1-201ENST00000331659 2906 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
TPM4P67936 RBM15-201ENST00000369784 4244 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
TPM4P67936 GGA3-214ENST00000582717 2255 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
TPM4P67936 ZNF493-208ENST00000599461 1769 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
TPM4P67936 FRMD6-203ENST00000395718 4828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
TPM4P67936 MANBAL-201ENST00000373605 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
TPM4P67936 AP3M2-207ENST00000518421 3669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
TPM4P67936 HIST1H1B-201ENST00000331442 681 ntAPPRIS P1 BASIC15.73■□□□□ 0.11
TPM4P67936 AC005229.1-201ENST00000392885 409 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
TPM4P67936 SKA1-202ENST00000398452 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
TPM4P67936 FAM197Y7-201ENST00000432892 766 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
TPM4P67936 FHIT-208ENST00000492590 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
TPM4P67936 C5orf66-202ENST00000507641 547 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
TPM4P67936 TPD52L1-208ENST00000528193 789 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
TPM4P67936 AC011447.3-204ENST00000585498 883 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
TPM4P67936 AP005264.1-201ENST00000586226 733 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
TPM4P67936 AC009955.4-201ENST00000597192 544 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
TPM4P67936 AC138951.2-201ENST00000623455 1161 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
TPM4P67936 MYADM-201ENST00000336967 3047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
TPM4P67936 MRGPRX4-201ENST00000314254 1444 ntAPPRIS P1 BASIC15.73■□□□□ 0.11
TPM4P67936 SPG11-203ENST00000535302 7288 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
TPM4P67936 AC008620.2-201ENST00000510294 1569 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
TPM4P67936 VAMP4-201ENST00000236192 5159 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
TPM4P67936 TFR2-205ENST00000462107 3131 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
TPM4P67936 C5orf56-206ENST00000612967 2791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
TPM4P67936 ZNF740-201ENST00000416904 8578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
TPM4P67936 SLC45A1-201ENST00000289877 2401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
TPM4P67936 KRT17P4-205ENST00000579946 2555 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
TPM4P67936 EPN2-205ENST00000395626 2863 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
TPM4P67936 CATSPERE-202ENST00000366533 3019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
TPM4P67936 ZFAT-209ENST00000520727 4686 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
TPM4P67936 AHI1-205ENST00000457866 5549 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
TPM4P67936 TDRD9-202ENST00000409874 4782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
TPM4P67936 HSD17B4-201ENST00000256216 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
TPM4P67936 NAALADL1-201ENST00000340252 2376 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
TPM4P67936 DAO-201ENST00000228476 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
TPM4P67936 ALAS2-202ENST00000335854 1795 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
TPM4P67936 ERLIN1-202ENST00000407654 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
TPM4P67936 SLC25A36-201ENST00000324194 1301 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
TPM4P67936 XIRP1-201ENST00000340369 6460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
TPM4P67936 MYO1C-201ENST00000359786 5145 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
TPM4P67936 BDH1-202ENST00000392378 3455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
TPM4P67936 HOXA7-201ENST00000242159 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
TPM4P67936 IFT88-202ENST00000351808 2856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 79.4 ms