Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

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Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 PRMT9-201ENST00000322396 3528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 GMPPB-203ENST00000480687 6108 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 ERLIN2-205ENST00000518586 2623 ntTSL 2 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 LINC02396-202ENST00000550636 2324 ntTSL 2 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 AC010255.3-203ENST00000509403 1727 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 RBM14-201ENST00000310137 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 RASGRF2-206ENST00000638442 2842 ntTSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 ADCYAP1R1-201ENST00000304166 6487 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 TRPM2-204ENST00000397932 5216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 ZMYND11-208ENST00000397962 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 TNNI1-202ENST00000361379 5413 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 TAGLN2-202ENST00000368096 1603 ntTSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 TAGLN2-203ENST00000368097 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 ARPP19-202ENST00000561650 3245 ntTSL 2 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 C9orf47-203ENST00000375851 4837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 EPN2-210ENST00000571254 1883 ntTSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 CDKN1A-208ENST00000615513 2102 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 SYTL3-205ENST00000611299 2896 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 AL365205.1-204ENST00000359201 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 KIF19-202ENST00000389916 3643 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 TIE1-201ENST00000372476 3882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 C1orf159-202ENST00000379320 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 ITGB2-207ENST00000397854 2592 ntTSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 KCTD18-202ENST00000409157 2556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 POLR2L-201ENST00000322028 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 CMTM1-201ENST00000328020 981 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 RNASE10-201ENST00000328444 717 ntAPPRIS P1 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 CMTM1-202ENST00000332695 624 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 MAGOH-202ENST00000371470 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 CMTM1-205ENST00000379500 1064 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 USP17L6P-201ENST00000382470 1197 ntBASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 EEF1B2-203ENST00000392222 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 PPM1N-201ENST00000396735 895 ntTSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 LINC00866-201ENST00000427379 418 ntTSL 2 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 MIR503HG-202ENST00000440570 760 ntTSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 PPM1N-208ENST00000456399 618 ntTSL 3 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 DMKN-229ENST00000467637 827 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 REEP5-205ENST00000504247 480 ntTSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 REEP5-207ENST00000513339 1139 ntTSL 2 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 CMTM1-209ENST00000528324 749 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 CMTM1-217ENST00000533666 493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 AC145285.5-201ENST00000562217 361 ntBASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 PLA2G15-209ENST00000566188 1203 ntTSL 2 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 AC012645.2-201ENST00000566190 553 ntTSL 4 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 AC015917.2-201ENST00000580714 493 ntTSL 3 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 MIR6756-201ENST00000616240 63 ntBASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 LINC00244-201ENST00000625073 613 ntBASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 FAM107A-206ENST00000474531 2271 ntTSL 2 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 CSF1-201ENST00000329608 4210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 POU2F2-204ENST00000526816 3218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 MYLK2-202ENST00000375994 2956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 SPATA20-201ENST00000006658 2719 ntTSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 PIK3IP1-201ENST00000215912 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 TMPO-203ENST00000343315 2465 ntTSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF16-201ENST00000378371 2219 ntTSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 AKR1C2-202ENST00000421196 1481 ntTSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 EML4-203ENST00000402711 3568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 TTC7A-203ENST00000409245 3033 ntTSL 2 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 ZCCHC17-201ENST00000344147 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 MSH5-203ENST00000375750 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 TAF1D-203ENST00000448108 2082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 DHRS4-AS1-204ENST00000555045 1848 ntTSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 VAT1-201ENST00000355653 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 SHROOM1-208ENST00000617339 3638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 FGFR1-201ENST00000326324 3816 ntTSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 PLPPR1-201ENST00000374874 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 LINC00115-201ENST00000473798 1317 ntBASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 KIAA1257-204ENST00000511438 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 KIAA0895L-202ENST00000561621 3500 ntTSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 NFATC2-202ENST00000396009 7437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 ADAM11-201ENST00000200557 4571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 PRKD1-209ENST00000616995 3498 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 ANKRD13B-201ENST00000394859 3214 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 STK33-203ENST00000396672 2558 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 MCRS1-211ENST00000550165 1936 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 AIF1L-205ENST00000372301 671 ntTSL 2 BASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 CCDC167-201ENST00000373408 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 BX679664.3-201ENST00000414070 555 ntBASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 AL390778.2-201ENST00000420883 886 ntTSL 3 BASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 RPL35P9-201ENST00000446059 350 ntBASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 AC007319.1-201ENST00000453517 802 ntTSL 3 BASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 LINC00887-204ENST00000456816 796 ntTSL 3 BASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 AC113935.1-201ENST00000471722 555 ntBASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 RN7SL564P-201ENST00000496309 250 ntBASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 HINT1-205ENST00000508488 703 ntTSL 2 BASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 AC005740.1-201ENST00000515639 522 ntBASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 PMFBP1-208ENST00000537792 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 C2orf69P1-201ENST00000563532 1093 ntBASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 AQP8-202ENST00000566125 1276 ntTSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 LINC02081-203ENST00000591384 867 ntTSL 3 BASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 TMIGD2-204ENST00000600349 333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 AC138466.4-201ENST00000623965 852 ntBASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 AC002044.2-201ENST00000624910 970 ntBASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 BTNL8-211ENST00000610640 1488 ntTSL 5 BASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 ZNF541-202ENST00000314121 4631 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 C2-205ENST00000418949 1658 ntTSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 EDEM3-202ENST00000367512 6678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 AC022007.1-201ENST00000383808 1897 ntTSL 2 BASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 PPP1R13L-202ENST00000418234 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 NSD2-204ENST00000382891 7534 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.71□□□□□ -0.22
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