Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 CPN1-201ENST00000370418 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 FERMT1-201ENST00000217289 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 NOS1AP-201ENST00000361897 4931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 BRF1-211ENST00000547530 3358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 MYH6-201ENST00000356287 5871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 DDR1-271ENST00000513240 2882 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 GPR68-203ENST00000531499 2859 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 C1R-201ENST00000535233 2211 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 RHD-203ENST00000357542 1387 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 IL1F10-202ENST00000393197 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 LHFPL3-201ENST00000401970 1378 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 CSF3-204ENST00000394149 1583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 MLXIPL-205ENST00000429400 3173 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 GLB1L2-205ENST00000535456 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 PDCD6IPP2-206ENST00000566178 3351 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 PPP1R16A-201ENST00000292539 2722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 WNT3A-201ENST00000284523 2932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 SNX14-202ENST00000346348 3348 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 KLHL32-206ENST00000544166 2864 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 NDUFB8-201ENST00000299166 671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 AC097059.1-201ENST00000413103 885 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 PEX13-203ENST00000414712 1014 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 LINC01237-201ENST00000415434 573 ntTSL 4 BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 CHID1-202ENST00000429789 1289 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 HNRNPA1P2-207ENST00000432375 960 ntBASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 GDAP1-202ENST00000434412 1228 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 RPS2P36-201ENST00000456516 831 ntBASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 RPS23-204ENST00000507980 836 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 RN7SKP155-201ENST00000516031 288 ntBASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 TMEM202-AS1-201ENST00000562573 723 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 AC068152.1-205ENST00000575173 1081 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 AP001269.2-201ENST00000590055 379 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 SMIM22-209ENST00000591870 355 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 AC008758.6-201ENST00000598753 588 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 AC107464.3-201ENST00000609172 737 ntBASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 RPL13A-213ENST00000621674 1098 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 HELLS-212ENST00000630929 400 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 AC011491.1-203ENST00000637688 543 ntBASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 AL365209.1-201ENST00000624418 6473 ntBASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 EDN1-201ENST00000379375 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 HDAC11-213ENST00000437379 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 PHKG1-201ENST00000297373 1431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 DLGAP4-202ENST00000340491 2392 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 NEK10-206ENST00000429845 4250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 ARHGEF26-203ENST00000465817 2353 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 KCTD1-207ENST00000580059 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 TPO-201ENST00000329066 3138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 SNX14-203ENST00000369627 3111 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 POLRMT-202ENST00000588649 3835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 DNAJC21-202ENST00000382021 6208 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 DDX46-212ENST00000628477 1584 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 SRA1-201ENST00000336283 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 SFMBT1-201ENST00000394752 4548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 AC011899.2-202ENST00000438047 4302 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 KYAT1-201ENST00000302586 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 CLEC16A-203ENST00000409790 6891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 SLC7A8-214ENST00000621729 1371 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 CCDC138-203ENST00000412964 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 USF1-202ENST00000368020 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 LINC00637-201ENST00000556586 2056 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 LINC02135-201ENST00000599486 2065 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 AL513497.1-201ENST00000624273 2083 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 GNAI2-203ENST00000422163 2407 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 AP002990.1-202ENST00000496634 5064 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 AL590132.1-202ENST00000638983 4184 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 TAGLN3-201ENST00000273368 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 MGRN1-211ENST00000588994 1665 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 VLDLR-202ENST00000382099 3240 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 VAMP2-201ENST00000316509 2153 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 TSC22D1-211ENST00000501704 4026 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 LRSAM1-203ENST00000373322 2849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 TMSB15A-201ENST00000289373 685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 BOLA3-201ENST00000295326 444 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 INO80C-202ENST00000334598 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 PDLIM5-203ENST00000359265 1189 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 SSR4-202ENST00000370085 526 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 HCRTR1-201ENST00000373705 1170 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 MYL3-202ENST00000395869 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 CHTF8-202ENST00000398235 1073 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 TRO-205ENST00000399736 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 ACTBP14-201ENST00000411655 1089 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 LYPLA2P1-203ENST00000447689 696 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 BUD31-205ENST00000456893 512 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 AC092535.3-201ENST00000504969 468 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 AC100858.1-201ENST00000514059 1228 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 ARL17B-203ENST00000570618 1140 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 MIR4649-201ENST00000582839 64 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 DBP-202ENST00000593500 712 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 STAG3L1-204ENST00000619870 1192 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 SPATA6-204ENST00000396199 4964 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 GSPT1-202ENST00000434724 7105 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 TSPAN14-210ENST00000616406 2436 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 AC008429.1-202ENST00000518818 2067 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 LDB3-204ENST00000372066 1598 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 CDH20-201ENST00000262717 3882 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 MICAL3-206ENST00000441493 9445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 SYAP1-201ENST00000380155 6129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 YIPF1-201ENST00000072644 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 POU2F2-207ENST00000529067 2657 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
SMARCA1P28370 CACNA1I-203ENST00000404898 9892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 73 ms