Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 CHRND-206ENST00000543200 2918 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CUX1P39880 AC023509.3-202ENST00000591834 1609 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CUX1P39880 MRPS9-201ENST00000258455 1500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CUX1P39880 DAG1-220ENST00000539901 5665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CUX1P39880 LDB3-207ENST00000542786 1889 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CUX1P39880 YTHDF1-202ENST00000370339 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CUX1P39880 GMPPB-201ENST00000308375 3217 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CUX1P39880 ACE-204ENST00000428043 5120 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CUX1P39880 SESN1-202ENST00000356644 2676 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CUX1P39880 FERMT3-202ENST00000345728 2481 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CUX1P39880 CSF3-204ENST00000394149 1583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CUX1P39880 CDH16-202ENST00000394055 2821 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CUX1P39880 ACTN4-201ENST00000252699 4963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CUX1P39880 ATP2B1-AS1-201ENST00000605386 3632 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
CUX1P39880 MEN1-207ENST00000377326 3150 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CUX1P39880 PNLIP-201ENST00000369221 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CUX1P39880 PPP4R4-201ENST00000304338 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CUX1P39880 JADE3-204ENST00000614628 4934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CUX1P39880 MYC-206ENST00000613283 1365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CUX1P39880 KAT2A-201ENST00000225916 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CUX1P39880 PIGL-202ENST00000395844 1257 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CUX1P39880 AL162151.1-201ENST00000423922 561 ntTSL 4 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CUX1P39880 ACTG1P23-201ENST00000437653 1074 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
CUX1P39880 SLC25A15P1-201ENST00000456738 342 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
CUX1P39880 BACE1-207ENST00000510630 1236 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CUX1P39880 AC027228.1-201ENST00000560094 325 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CUX1P39880 TPST2P1-201ENST00000564073 1102 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
CUX1P39880 AC005332.2-201ENST00000590010 930 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
CUX1P39880 AC006262.2-202ENST00000600152 333 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CUX1P39880 AL928970.1-201ENST00000422679 2923 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CUX1P39880 ABCF3-201ENST00000292808 2453 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CUX1P39880 ASTN2-205ENST00000361209 4622 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CUX1P39880 TMEM78-201ENST00000323223 2175 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CUX1P39880 YWHAQ-201ENST00000238081 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CUX1P39880 FAM213A-203ENST00000372187 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CUX1P39880 SPATA7-203ENST00000393545 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CUX1P39880 LIMS1-204ENST00000409441 1627 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CUX1P39880 UBA2-201ENST00000246548 4023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CUX1P39880 FAM107A-206ENST00000474531 2271 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CUX1P39880 PLAU-202ENST00000446342 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CUX1P39880 RAI1-AS1-201ENST00000443696 724 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CUX1P39880 AC026583.1-201ENST00000561310 569 ntTSL 4 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CUX1P39880 C19orf53-202ENST00000588234 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CUX1P39880 AC112220.4-201ENST00000604982 1263 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CUX1P39880 POLM-202ENST00000335195 2444 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CUX1P39880 ZMIZ1-205ENST00000611351 2196 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CUX1P39880 MBIP-211ENST00000621657 1809 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CUX1P39880 DBF4-201ENST00000265728 3907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CUX1P39880 KRT8P24-201ENST00000560290 1559 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CUX1P39880 IL6ST-209ENST00000502326 3007 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CUX1P39880 SMARCA4-215ENST00000590574 5282 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CUX1P39880 SCARB2-223ENST00000640640 4608 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CUX1P39880 ASIC4-202ENST00000358078 2741 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CUX1P39880 VOPP1-207ENST00000428648 2866 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CUX1P39880 PRICKLE1-211ENST00000639566 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CUX1P39880 AGPAT1-203ENST00000375107 2234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CUX1P39880 DPYSL3-202ENST00000398514 5309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CUX1P39880 ENC1-205ENST00000510316 5381 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CUX1P39880 LINC00449-201ENST00000366259 872 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CUX1P39880 COA6-201ENST00000366612 1013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CUX1P39880 KRTAP12-1-201ENST00000391617 588 ntAPPRIS P1 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CUX1P39880 RPL3P9-201ENST00000463217 1183 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
CUX1P39880 AC005096.1-201ENST00000560499 622 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CUX1P39880 AP001120.3-201ENST00000585729 489 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
CUX1P39880 SDHD-214ENST00000614349 516 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CUX1P39880 AL109954.3-201ENST00000615088 558 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
CUX1P39880 WDR1-203ENST00000382452 3142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CUX1P39880 EXO5-203ENST00000372703 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CUX1P39880 MARK2P9-201ENST00000430958 1727 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
CUX1P39880 PARP12-201ENST00000263549 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CUX1P39880 TIGD1-201ENST00000408957 2625 ntAPPRIS P1 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CUX1P39880 CA6-205ENST00000480186 1493 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CUX1P39880 HPGD-204ENST00000504433 1910 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CUX1P39880 AC092718.8-201ENST00000640345 2892 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CUX1P39880 PTCD2-207ENST00000503868 1653 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CUX1P39880 ARHGEF18-201ENST00000319670 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CUX1P39880 COCH-203ENST00000460581 2688 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CUX1P39880 TPM3-204ENST00000323144 1088 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CUX1P39880 VKORC1-203ENST00000354895 901 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CUX1P39880 STK39-201ENST00000355999 3820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CUX1P39880 MIR1226-201ENST00000408658 75 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
CUX1P39880 AL355500.1-201ENST00000439421 297 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CUX1P39880 TCEA3-204ENST00000461794 713 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CUX1P39880 CST7-201ENST00000480798 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CUX1P39880 AC027682.3-201ENST00000564717 207 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CUX1P39880 AL033381.2-201ENST00000603854 732 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
CUX1P39880 AC134878.2-201ENST00000620700 1265 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
CUX1P39880 ENSA-208ENST00000369014 2085 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CUX1P39880 RASGEF1C-206ENST00000522500 2055 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CUX1P39880 WDR77-201ENST00000235090 2576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CUX1P39880 HSD3B2-206ENST00000543831 1783 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CUX1P39880 PHF20L1-209ENST00000395386 6237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CUX1P39880 FBXL16-202ENST00000397621 3547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CUX1P39880 FUT4-201ENST00000358752 6059 ntAPPRIS P1 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CUX1P39880 MKNK1-204ENST00000371946 2719 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CUX1P39880 CFAP53-201ENST00000398545 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CUX1P39880 SLC36A1-211ENST00000616007 1389 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CUX1P39880 ACKR1-202ENST00000368122 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CUX1P39880 PLEKHN1-203ENST00000379410 2404 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CUX1P39880 CCDC175-201ENST00000281581 2487 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 82.5 ms