Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 MAP3K4-204ENST00000392142 5490 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIG1P18858 LINC01257-201ENST00000376678 2473 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIG1P18858 PLAT-203ENST00000429089 2599 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
LIG1P18858 FAS-202ENST00000352159 1722 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
LIG1P18858 UQCRFS1-201ENST00000304863 3475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
LIG1P18858 TICAM1-201ENST00000248244 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
LIG1P18858 PARVB-201ENST00000338758 5429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
LIG1P18858 IGF2-203ENST00000381395 4527 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.21
LIG1P18858 TMBIM6-217ENST00000549385 2771 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
LIG1P18858 TMEM2-202ENST00000377044 6523 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
LIG1P18858 PTPN13-203ENST00000427191 8487 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
LIG1P18858 MYH14-201ENST00000262269 3848 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
LIG1P18858 SF1-205ENST00000377394 2854 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
LIG1P18858 PHF2-203ENST00000610682 2921 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
LIG1P18858 ZNF721-205ENST00000511833 2966 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.33■□□□□ 0.21
LIG1P18858 AC046130.1-201ENST00000501954 2179 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIG1P18858 VAPA-202ENST00000400000 6815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIG1P18858 ZFP36L2-201ENST00000282388 3696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIG1P18858 SRP14-201ENST00000267884 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIG1P18858 COX6A2-201ENST00000287490 440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIG1P18858 MBD3L5-201ENST00000329753 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIG1P18858 PSTK-202ENST00000405485 1047 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIG1P18858 DYNC1I1-203ENST00000413338 958 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIG1P18858 SNHG12-210ENST00000483436 682 ntTSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIG1P18858 LILRA5-204ENST00000486742 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIG1P18858 ORAOV1-211ENST00000542341 775 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIG1P18858 RPL28-208ENST00000559463 852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIG1P18858 AC145343.1-201ENST00000579629 650 ntTSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIG1P18858 NAT9-212ENST00000581136 1011 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIG1P18858 DCAF13-209ENST00000616836 2639 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIG1P18858 EPHB3-201ENST00000330394 4236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIG1P18858 ELOVL1-201ENST00000372458 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIG1P18858 LINC01205-202ENST00000497996 1493 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIG1P18858 RHD-209ENST00000568195 1467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIG1P18858 LSS-201ENST00000356396 2995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIG1P18858 TMEM130-201ENST00000339375 3015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIG1P18858 ADAMTSL1-204ENST00000380545 1562 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIG1P18858 ZC3HAV1-203ENST00000464606 4776 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIG1P18858 SPIN3-204ENST00000638257 4835 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIG1P18858 CATSPERE-203ENST00000366534 3333 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIG1P18858 USF1-202ENST00000368020 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIG1P18858 INTS1-201ENST00000404767 6959 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIG1P18858 PGAP2-202ENST00000300730 1843 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIG1P18858 PGAP2-203ENST00000396986 1837 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIG1P18858 PHF8-202ENST00000338154 6062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIG1P18858 PCK2-216ENST00000561286 2012 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIG1P18858 DLGAP1-202ENST00000400145 2188 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIG1P18858 FCHSD1-209ENST00000522783 2477 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
LIG1P18858 ARHGEF2-201ENST00000313667 2958 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 NLGN3-201ENST00000358741 3046 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 ENG-202ENST00000373203 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 USP49-201ENST00000373006 3177 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 TLE3-211ENST00000557997 3683 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 PTK7-203ENST00000345201 4071 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 MMAB-210ENST00000545712 4438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 MSL2-201ENST00000309993 4692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 DLGAP1-204ENST00000400149 5203 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 CETP-201ENST00000200676 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 KIAA0930-201ENST00000251993 2723 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 MYO1G-201ENST00000258787 3267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 RPS3-201ENST00000278572 907 ntTSL 3 BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 MYO16-203ENST00000357550 6779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 STK40-201ENST00000359297 4837 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 SPO11-203ENST00000371263 1834 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 TP73-207ENST00000378290 1831 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 MOGAT3-202ENST00000379423 933 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 AC010141.1-201ENST00000411585 623 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 EPDR1-203ENST00000425345 947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 HNRNPA1P63-201ENST00000427917 963 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 USE1-202ENST00000445667 795 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 AL591846.1-201ENST00000451736 433 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 DNAJC3-AS1-201ENST00000499499 2908 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 ATF7-204ENST00000548118 774 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 AC025154.1-201ENST00000552806 560 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 AL355102.3-201ENST00000554299 1678 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 AC008050.1-201ENST00000554926 632 ntTSL 3 BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 AC005730.2-201ENST00000564549 1184 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 AC108134.4-201ENST00000570700 302 ntTSL 3 BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 AC127496.1-201ENST00000576234 3133 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 MIR4525-201ENST00000580000 75 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 ZNF426-204ENST00000593003 2402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 AC011495.3-201ENST00000596472 427 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 PNPLA5-205ENST00000597664 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 AC008825.2-201ENST00000603374 718 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 AL008718.2-201ENST00000609206 1313 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 FDPS-221ENST00000612683 1198 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 MIR6869-201ENST00000619434 62 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 ABCG2-201ENST00000237612 4479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 MAPK4-206ENST00000592595 4330 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 LGALSL-201ENST00000238875 3926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 ZNF384-201ENST00000319770 3266 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 BEGAIN-212ENST00000637716 3259 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 ITGB2-205ENST00000397850 3178 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
LIG1P18858 NEK4-207ENST00000535191 2452 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 FLNC-201ENST00000325888 9188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 USP39-220ENST00000613444 2161 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 MOGAT3-201ENST00000223114 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 UBE2F-223ENST00000612130 2135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 LILRB2-202ENST00000391746 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 POLD1-214ENST00000613923 3542 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.5 ms