Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
LIMA1Q9UHB6 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC24.64■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC24.64■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
LIMA1Q9UHB6 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIMA1Q9UHB6 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 62 ms