Protein–RNA interactions for Protein: Q9H9Y2

RPF1, Ribosome production factor 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 349 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPF1Q9H9Y2 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC24.39■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC24.37■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC24.34■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
RPF1Q9H9Y2 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
RPF1Q9H9Y2 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.8 ms