Protein–RNA interactions for Protein: Q96QK1

VPS35, Vacuolar protein sorting-associated protein 35, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS35Q96QK1 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.9 ms