Protein–RNA interactions for Protein: Q70CQ1

USP49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, humanhuman

Predictions only

Length 688 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP49Q70CQ1 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP49Q70CQ1 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
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