Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP41Q3LFD5 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP41Q3LFD5 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
USP41Q3LFD5 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
USP41Q3LFD5 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP41Q3LFD5 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP41Q3LFD5 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
USP41Q3LFD5 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP41Q3LFD5 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP41Q3LFD5 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP41Q3LFD5 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP41Q3LFD5 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP41Q3LFD5 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP41Q3LFD5 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP41Q3LFD5 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP41Q3LFD5 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC24■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC24■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
USP41Q3LFD5 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
USP41Q3LFD5 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.1 ms