Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIM2P55344 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIM2P55344 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIM2P55344 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIM2P55344 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIM2P55344 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIM2P55344 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIM2P55344 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIM2P55344 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIM2P55344 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIM2P55344 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIM2P55344 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
LIM2P55344 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIM2P55344 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIM2P55344 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIM2P55344 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIM2P55344 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIM2P55344 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIM2P55344 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIM2P55344 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIM2P55344 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIM2P55344 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
LIM2P55344 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIM2P55344 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIM2P55344 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIM2P55344 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIM2P55344 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIM2P55344 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIM2P55344 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIM2P55344 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIM2P55344 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIM2P55344 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIM2P55344 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIM2P55344 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIM2P55344 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIM2P55344 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIM2P55344 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIM2P55344 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIM2P55344 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIM2P55344 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIM2P55344 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIM2P55344 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIM2P55344 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIM2P55344 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIM2P55344 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIM2P55344 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIM2P55344 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
LIM2P55344 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
LIM2P55344 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
LIM2P55344 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC21.33■■□□□ 1
LIM2P55344 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
LIM2P55344 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
LIM2P55344 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIM2P55344 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIM2P55344 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
LIM2P55344 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIM2P55344 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIM2P55344 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIM2P55344 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIM2P55344 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIM2P55344 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
LIM2P55344 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
LIM2P55344 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
LIM2P55344 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIM2P55344 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC21.32■■□□□ 1
LIM2P55344 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC21.32■■□□□ 1
LIM2P55344 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
LIM2P55344 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
LIM2P55344 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIM2P55344 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIM2P55344 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC21.31■■□□□ 1
LIM2P55344 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
LIM2P55344 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIM2P55344 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
LIM2P55344 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIM2P55344 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
LIM2P55344 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIM2P55344 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIM2P55344 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIM2P55344 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
LIM2P55344 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIM2P55344 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC21.3■■□□□ 1
LIM2P55344 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
LIM2P55344 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIM2P55344 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIM2P55344 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIM2P55344 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIM2P55344 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
LIM2P55344 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIM2P55344 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIM2P55344 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIM2P55344 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIM2P55344 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIM2P55344 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIM2P55344 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIM2P55344 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC21.29■■□□□ 1
LIM2P55344 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIM2P55344 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
LIM2P55344 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
LIM2P55344 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC21.29■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.5 ms