Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
MSX1P28360 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
MSX1P28360 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
MSX1P28360 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
MSX1P28360 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
MSX1P28360 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
MSX1P28360 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
MSX1P28360 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
MSX1P28360 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC20.56■□□□□ 0.88
MSX1P28360 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC20.56■□□□□ 0.88
MSX1P28360 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
MSX1P28360 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
MSX1P28360 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
MSX1P28360 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
MSX1P28360 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
MSX1P28360 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
MSX1P28360 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
MSX1P28360 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
MSX1P28360 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
MSX1P28360 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
MSX1P28360 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
MSX1P28360 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
MSX1P28360 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.55■□□□□ 0.88
MSX1P28360 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
MSX1P28360 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
MSX1P28360 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
MSX1P28360 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
MSX1P28360 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC20.54■□□□□ 0.88
MSX1P28360 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
MSX1P28360 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC20.54■□□□□ 0.88
MSX1P28360 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC20.54■□□□□ 0.88
MSX1P28360 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
MSX1P28360 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
MSX1P28360 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
MSX1P28360 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
MSX1P28360 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
MSX1P28360 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
MSX1P28360 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC20.53■□□□□ 0.88
MSX1P28360 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
MSX1P28360 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.53■□□□□ 0.88
MSX1P28360 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
MSX1P28360 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
MSX1P28360 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
MSX1P28360 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
MSX1P28360 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
MSX1P28360 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
MSX1P28360 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC20.53■□□□□ 0.88
MSX1P28360 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
MSX1P28360 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
MSX1P28360 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
MSX1P28360 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
MSX1P28360 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
MSX1P28360 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
MSX1P28360 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
MSX1P28360 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
MSX1P28360 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
MSX1P28360 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
MSX1P28360 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
MSX1P28360 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
MSX1P28360 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
MSX1P28360 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
MSX1P28360 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
MSX1P28360 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
MSX1P28360 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.87
MSX1P28360 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
MSX1P28360 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
MSX1P28360 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC20.51■□□□□ 0.87
MSX1P28360 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
MSX1P28360 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
MSX1P28360 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
MSX1P28360 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
MSX1P28360 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
MSX1P28360 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
MSX1P28360 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
MSX1P28360 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
MSX1P28360 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC20.51■□□□□ 0.87
MSX1P28360 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
MSX1P28360 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC20.51■□□□□ 0.87
MSX1P28360 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
MSX1P28360 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
MSX1P28360 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
MSX1P28360 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
MSX1P28360 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
MSX1P28360 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
MSX1P28360 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
MSX1P28360 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
MSX1P28360 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
MSX1P28360 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
MSX1P28360 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
MSX1P28360 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
MSX1P28360 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
MSX1P28360 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
MSX1P28360 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
MSX1P28360 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
MSX1P28360 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
MSX1P28360 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
MSX1P28360 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
MSX1P28360 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
MSX1P28360 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
MSX1P28360 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.4 ms