Protein–RNA interactions for Protein: O43633

CHMP2A, Charged multivesicular body protein 2a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP2AO43633 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP2AO43633 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
CHMP2AO43633 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.1 ms