Protein–RNA interactions for Protein: P49639

HOXA1, Homeobox protein Hox-A1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 335 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA1P49639 MKRN5P-201ENST00000445263 1467 ntBASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 C2-205ENST00000418949 1658 ntTSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 TBP-207ENST00000616883 1750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 BSCL2-206ENST00000405837 1984 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 CTNND2-202ENST00000458100 1962 ntTSL 5 BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 ERICH6-201ENST00000295910 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 MZF1-AS1-202ENST00000600534 2567 ntTSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 COG4-202ENST00000393612 2756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 FZD7-201ENST00000286201 3859 ntAPPRIS P1 BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 SEC31A-208ENST00000448323 4255 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 ATP7B-202ENST00000344297 5861 ntTSL 5 BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 ACACA-237ENST00000616317 9961 ntTSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 FAM155A-201ENST00000375915 8503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 WASF3-202ENST00000361042 4823 ntTSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 ELOVL4-201ENST00000369816 3042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 C17orf53-202ENST00000319977 2725 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 FAM86JP-201ENST00000467239 1910 ntTSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 EVA1A-201ENST00000233712 1815 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 KIF21B-202ENST00000360529 5389 ntTSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 USP22-206ENST00000537526 4976 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 MRPL11-201ENST00000310999 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 MANBAL-204ENST00000397151 1503 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 MANBAL-205ENST00000397152 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 TXNDC5-204ENST00000473453 1301 ntTSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 AMDHD2-202ENST00000302956 3273 ntTSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 PER1-211ENST00000581082 4521 ntTSL 5 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 AKR1C8P-201ENST00000578467 2182 ntTSL 2 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 TBC1D3E-201ENST00000621587 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 DNAJC11-202ENST00000377577 3311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 PLOD2-209ENST00000494950 2908 ntTSL 2 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 LETMD1-206ENST00000547008 1665 ntTSL 2 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 RIPK4-201ENST00000332512 3889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 KRTAP10-7-201ENST00000609664 1578 ntAPPRIS P1 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 LINC00221-202ENST00000619530 1499 ntTSL 2 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 PRMT7-201ENST00000339507 4238 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 TEX44-201ENST00000313965 1383 ntAPPRIS P1 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 GNPNAT1-203ENST00000554230 2238 ntTSL 5 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 TRA2B-202ENST00000342294 288 ntTSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 C1orf43-203ENST00000368516 872 ntTSL 2 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 NTMT1-201ENST00000372480 852 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 PGGT1B-202ENST00000379615 903 ntTSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 TMEM26-AS1-201ENST00000389640 863 ntTSL 5 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 CAMKK2-204ENST00000392473 2967 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 CRYAA-202ENST00000398132 826 ntTSL 2 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 CYSRT1-201ENST00000409414 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 AC007319.1-202ENST00000412276 829 ntTSL 5 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 AC055876.3-201ENST00000431496 288 ntBASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 CR589904.1-201ENST00000437830 732 ntTSL 5 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 MCF2L-AS1-201ENST00000446789 712 ntTSL 3 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 KRT18P25-201ENST00000508931 1278 ntBASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 FAM172A-207ENST00000509739 1031 ntTSL 2 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 PXN-AS1-201ENST00000535200 1170 ntTSL 2 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 RIC8B-209ENST00000549643 571 ntTSL 4 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 LINC02356-202ENST00000552663 314 ntTSL 3 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 ANAPC11-216ENST00000579133 563 ntTSL 3 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 YIF1B-216ENST00000592694 1181 ntTSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 AC011466.1-201ENST00000595201 566 ntTSL 4 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 DUSP13-214ENST00000607131 1019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 AC138649.4-201ENST00000612222 287 ntBASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 BARD1-209ENST00000613192 703 ntTSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 FP236240.1-204ENST00000624932 712 ntTSL 2 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 DDC-207ENST00000444124 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 DSN1-201ENST00000373734 1915 ntTSL 2 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 WBP1L-202ENST00000448841 4085 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 VRK3-209ENST00000594948 1847 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 SC5D-201ENST00000264027 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 STAT6-202ENST00000454075 3037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 USP38-201ENST00000307017 7009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 SIRPA-203ENST00000400068 4201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 CLOCK-211ENST00000513440 3580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 NEU3-206ENST00000532963 1643 ntTSL 2 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 LANCL1-205ENST00000443314 4781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 ELN-204ENST00000357036 3361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 AMT-232ENST00000636199 1546 ntTSL 5 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 PPFIA4-210ENST00000599966 3178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 C12orf73-207ENST00000549478 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 HTR3A-201ENST00000299961 1994 ntTSL 2 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 ELAVL4-207ENST00000448907 1951 ntTSL 2 BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 NADK-202ENST00000341991 3098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 CELSR3-201ENST00000164024 11956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 VAMP1-201ENST00000361716 3449 ntTSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 SLC13A4-201ENST00000354042 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 CCNE1-203ENST00000444983 1680 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 SLC5A5-201ENST00000222248 3576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 PNPO-217ENST00000642017 3465 ntAPPRIS P1 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 KLHL7-202ENST00000339077 5620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 DTX2P1-UPK3BP1-PMS2P11-203ENST00000636308 4646 ntTSL 5 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 KLK2-202ENST00000358049 2847 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 ZNF318-201ENST00000361428 8006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 PYGM-201ENST00000164139 3198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 DNAJB12-202ENST00000394903 3198 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 ITGB2-205ENST00000397850 3178 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 AGAP3-205ENST00000463381 2730 ntTSL 2 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 RNF111-201ENST00000348370 5913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 NCDN-201ENST00000356090 3433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 CELF4-218ENST00000591287 3757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 GPR161-209ENST00000539777 7655 ntTSL 2 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 ANKRD42-201ENST00000260047 2514 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 LDHAL6A-201ENST00000280706 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.84□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 ARAF-201ENST00000290277 2504 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.6 ms