Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 EXO5-201ENST00000296380 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
SMARCA1P28370 IARS2-201ENST00000366922 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
SMARCA1P28370 NIPSNAP3A-201ENST00000374767 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
SMARCA1P28370 ZNF367-201ENST00000375256 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
SMARCA1P28370 AFF4-201ENST00000265343 9552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
SMARCA1P28370 JPH1-201ENST00000342232 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
SMARCA1P28370 ZSCAN2-202ENST00000327179 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
SMARCA1P28370 MAPKAP1-204ENST00000373498 3131 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
SMARCA1P28370 RARG-202ENST00000394426 2640 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
SMARCA1P28370 UBE2E2-202ENST00000396703 2748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 MAN1B1-202ENST00000371589 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 MAPT-204ENST00000344290 6816 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 B9D1-202ENST00000268841 755 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 PPA2-204ENST00000354147 667 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 AC106827.1-201ENST00000366454 431 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 CST9L-201ENST00000376979 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 HIST2H2BA-201ENST00000412169 381 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 AZGP1P1-202ENST00000425474 1181 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 PPA2-205ENST00000432483 859 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 H2AFV-206ENST00000437072 589 ntTSL 4 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 RGS5-216ENST00000449680 788 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 STK24P1-201ENST00000455035 1291 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 RPL18AP3-201ENST00000462885 528 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 RN7SL181P-201ENST00000462921 277 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 TMCO5B-205ENST00000530020 894 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 NAV2-AS2-201ENST00000533767 782 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 NEU3-207ENST00000534628 746 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 TNFSF13B-206ENST00000542136 495 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 ATF7-212ENST00000591397 860 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 AC018635.2-201ENST00000608625 364 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 SLC12A5-219ENST00000628272 401 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 AC004943.2-201ENST00000563328 4842 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 HELLS-202ENST00000348459 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 RELL1-201ENST00000314117 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 UQCC2-204ENST00000607484 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 RGS8-204ENST00000483095 1432 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 IQCJ-201ENST00000397832 1460 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 CELF4-217ENST00000591282 1461 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 AGPS-201ENST00000264167 7764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 RNF123-203ENST00000433785 1555 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 RNF214-201ENST00000300650 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 EXTL1-201ENST00000374280 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 ARID3B-206ENST00000622429 4243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 SLC9B2-202ENST00000394785 3126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 TAP2-201ENST00000374897 5684 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 GNAO1-201ENST00000262493 3337 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 LMAN2L-202ENST00000377079 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 MAP2K3-214ENST00000613338 2029 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 UGP2-207ENST00000467648 2057 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 LINC00511-213ENST00000581549 2265 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 CHDH-201ENST00000315251 7665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 MBOAT2-201ENST00000305997 7751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 KATNBL1-201ENST00000256544 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 C17orf107-201ENST00000381365 3199 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 TYK2-210ENST00000529370 3176 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 MED11-201ENST00000293777 833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 NUDT1-201ENST00000339737 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 NUDT1-202ENST00000343985 771 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 TNNT2-206ENST00000367320 1007 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 MIR33B-201ENST00000385104 96 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 TRBV7-3-201ENST00000390361 397 ntAPPRIS P1 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 OR52M2P-201ENST00000414298 959 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 AC018814.1-201ENST00000418972 357 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 AL663074.1-201ENST00000436642 299 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 AC105389.3-201ENST00000508038 907 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 IGHV1-12-201ENST00000518307 205 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 AP000842.2-201ENST00000533033 517 ntTSL 4 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 ANAPC15-204ENST00000535234 848 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 AC068867.1-201ENST00000559855 150 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 AC092139.2-201ENST00000563750 754 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 NUDT4P2-201ENST00000578341 546 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 COX6A1P2-201ENST00000620597 330 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 AC005618.3-201ENST00000624928 458 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 LINC00244-201ENST00000625073 613 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 EIF3F-209ENST00000640290 372 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 C12orf65-204ENST00000429587 1326 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 SHISA9-201ENST00000423335 4043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 CASP2-207ENST00000619992 4006 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 FAF1-202ENST00000396153 6817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 CSF3-201ENST00000225474 1509 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 CNBP-205ENST00000500450 1516 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 KLKP1-203ENST00000600104 1532 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 CSF2RA-219ENST00000501036 1622 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 TMEM173-201ENST00000330794 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 CD48-201ENST00000368045 1793 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 CALN1-201ENST00000329008 9243 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 TMUB2-202ENST00000357984 1921 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 HIF3A-202ENST00000244303 2250 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 CPEB2-209ENST00000538197 6878 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 KRBOX4-202ENST00000344302 2774 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 FBXL4-201ENST00000229971 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 GOLGA2-212ENST00000609374 2973 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 ARHGAP4-201ENST00000350060 3235 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 SLC27A3-201ENST00000271857 3351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 SOCS2-205ENST00000548537 3733 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 NPHP4-201ENST00000378156 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 IFNAR1-201ENST00000270139 6139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 ZFPM2-201ENST00000407775 4700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 AP004608.1-203ENST00000528482 3679 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
SMARCA1P28370 RASSF3-204ENST00000542104 3492 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 82.6 ms