Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 IRF6-204ENST00000542854 4256 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 CEMIP-202ENST00000356249 7297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 PTPRH-202ENST00000376350 3877 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 USP22-201ENST00000261497 5220 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
LIG3P49916 SMPDL3B-202ENST00000373894 1878 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 ADK-205ENST00000539909 1866 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 AL391244.1-206ENST00000447725 1843 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 TGFBR3-201ENST00000212355 6465 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 LRRC6-205ENST00000519595 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 FGF7P3-202ENST00000640245 1707 ntTSL 4 BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 CRISPLD2-203ENST00000564567 1651 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 ACTL8-202ENST00000617065 1670 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 SLC35A4-203ENST00000612662 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 FAM103A1-201ENST00000304191 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 MAD2L1-201ENST00000296509 5468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 FAM122B-202ENST00000343004 4326 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 KLK5-202ENST00000391809 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 ADD1-204ENST00000398123 2361 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 ECHDC1-220ENST00000528402 1449 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 MIF4GD-208ENST00000579297 1419 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 SIGLEC12-203ENST00000598614 1434 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 FKBP4P6-201ENST00000457486 1332 ntBASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 CENPBD1P1-204ENST00000487264 1308 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 RNF220-203ENST00000361799 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 RNF220-204ENST00000372247 3010 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 ANGPTL8-201ENST00000252453 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 HPS3-201ENST00000296051 4665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 CIDEC-201ENST00000336832 1277 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 TCEAL1-203ENST00000372626 721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 NQO2-202ENST00000380430 1098 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 MIR1908-201ENST00000410394 80 ntBASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 AL157392.1-201ENST00000412388 373 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 AL450469.1-201ENST00000418953 461 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 CIDEC-203ENST00000423850 1036 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 C9orf116-205ENST00000429260 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 MACROD2-AS1-201ENST00000439451 1230 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 Z94721.1-201ENST00000444102 385 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 VGLL4-214ENST00000451674 938 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 CIDEC-206ENST00000455015 1123 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 LYRM9-204ENST00000503642 432 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 KCNK16-205ENST00000507712 889 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 AP003171.2-201ENST00000528208 925 ntBASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 COX14-203ENST00000550487 739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 MAX-211ENST00000555667 574 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 AC012645.3-203ENST00000567153 520 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 AC120498.3-201ENST00000568884 542 ntTSL 4 BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 AC009134.1-201ENST00000571939 443 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 AP002360.2-202ENST00000572035 738 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 ANGPTL8-203ENST00000591200 504 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 AC073413.1-201ENST00000603927 732 ntBASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 ANGPTL8-204ENST00000616433 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 HTR5A-201ENST00000287907 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 ZNF77-201ENST00000314531 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 UBE3A-220ENST00000630424 5075 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 KAT5-216ENST00000534650 1875 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 PNPLA6-201ENST00000221249 4617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 B3GNTL1-211ENST00000576599 1787 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 PIK3R3-203ENST00000420542 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 COL4A1-201ENST00000375820 6532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 TK1-201ENST00000301634 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 RNF14-201ENST00000347642 4213 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
LIG3P49916 KATNA1-201ENST00000335643 1564 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
LIG3P49916 PAQR6-214ENST00000613336 1599 ntTSL 3 BASIC15.02■□□□□ -0
LIG3P49916 PTPN5-205ENST00000477854 2826 ntTSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
LIG3P49916 TMEM57-201ENST00000374343 3917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
LIG3P49916 LAMP2-203ENST00000434600 2089 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
LIG3P49916 EPRS-201ENST00000366923 5014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
LIG3P49916 BCL2L1-201ENST00000307677 2610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
LIG3P49916 NUB1-201ENST00000413040 3180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
LIG3P49916 ADORA2A-AS1-201ENST00000326341 2557 ntTSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
LIG3P49916 SATB2-201ENST00000260926 5318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
LIG3P49916 SCAF4-201ENST00000286835 4193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
LIG3P49916 ATL3-203ENST00000538786 1920 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
LIG3P49916 GRM1-204ENST00000492807 6836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
LIG3P49916 TEX264-205ENST00000416589 1313 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
LIG3P49916 PSMD8-209ENST00000602911 1330 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
LIG3P49916 ENO2-205ENST00000535366 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
LIG3P49916 HEBP1-201ENST00000014930 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
LIG3P49916 TRMT112-201ENST00000308774 561 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
LIG3P49916 FAM86MP-201ENST00000340703 885 ntBASIC15.02■□□□□ -0
LIG3P49916 CSAG1-202ENST00000370287 875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
LIG3P49916 P3H2-AS1-201ENST00000412203 730 ntTSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
LIG3P49916 RBM24-203ENST00000425446 1034 ntTSL 3 BASIC15.02■□□□□ -0
LIG3P49916 SAP30L-202ENST00000426761 777 ntTSL 3 BASIC15.02■□□□□ -0
LIG3P49916 ACTBP11-201ENST00000436287 1126 ntBASIC15.02■□□□□ -0
LIG3P49916 STARD4-205ENST00000505803 803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
LIG3P49916 STARD4-207ENST00000509887 1186 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
LIG3P49916 GNLY-210ENST00000524600 750 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
LIG3P49916 SNHG9-201ENST00000531523 275 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
LIG3P49916 RIT1-205ENST00000539040 919 ntTSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
LIG3P49916 ATP6V0A2-207ENST00000544833 1013 ntTSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
LIG3P49916 AL583722.2-201ENST00000557223 663 ntTSL 3 BASIC15.02■□□□□ -0
LIG3P49916 RN7SL219P-201ENST00000582872 296 ntBASIC15.02■□□□□ -0
LIG3P49916 SLC38A4-201ENST00000266579 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
LIG3P49916 RTP1-201ENST00000312295 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
LIG3P49916 AL133387.2-201ENST00000422661 2222 ntTSL 2 BASIC15.02□□□□□ -0.01
LIG3P49916 GINS3-203ENST00000426538 1728 ntTSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
LIG3P49916 SEPT8-212ENST00000458488 1726 ntTSL 5 BASIC15.02□□□□□ -0.01
LIG3P49916 SNCA-204ENST00000394989 3167 ntTSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
LIG3P49916 PPME1-201ENST00000328257 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.1 ms