Protein–RNA interactions for Protein: P49639

HOXA1, Homeobox protein Hox-A1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 335 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA1P49639 CICP7-201ENST00000432723 2477 ntBASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 ALDH1A3-202ENST00000346623 3104 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 CEP70-201ENST00000264982 2732 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 FER1L6-AS1-201ENST00000518567 2315 ntTSL 2 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 MRVI1-216ENST00000547195 6155 ntTSL 2 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 STRADA-243ENST00000640086 1925 ntTSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 NRP2-202ENST00000357118 3367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 SLC25A25-204ENST00000373069 3376 ntTSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 ENOX1-201ENST00000261488 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 SUN2-201ENST00000405018 4022 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 NRXN1-210ENST00000406316 9375 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 TEAD4-203ENST00000397122 1396 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 ST8SIA1-203ENST00000396037 9714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 NCSTN-201ENST00000294785 2936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 DCDC2-202ENST00000378454 4707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 CEP295NL-205ENST00000619342 1866 ntTSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 TBC1D24-201ENST00000293970 4340 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 UCN2-201ENST00000273610 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 RPP40-202ENST00000380051 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 NCAPG-201ENST00000251496 4661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 IP6K3-201ENST00000293756 2610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 DAZL-201ENST00000250863 3104 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 ELN-222ENST00000458204 3147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 C1RL-201ENST00000266542 3394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 KCNK10-202ENST00000319231 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 GRM4-206ENST00000544773 2983 ntTSL 2 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 CCDC114-201ENST00000315396 3215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 ILF3-219ENST00000590261 3219 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 SNX14-201ENST00000314673 3486 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 ELN-234ENST00000621115 3452 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 AC027369.3-201ENST00000530465 3707 ntBASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 SERHL2-203ENST00000340239 1315 ntTSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 TRIM23-202ENST00000274327 1829 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 APBB1-219ENST00000608704 2095 ntTSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 SLC3A1-205ENST00000409387 2334 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 BAHCC1-201ENST00000307745 10342 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 PASK-203ENST00000403638 5161 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 TRAK1-210ENST00000613405 4672 ntTSL 2 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 EPHA5-203ENST00000432638 3662 ntTSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 ABAT-215ENST00000569156 1911 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 MYO1G-201ENST00000258787 3267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 CTTN-201ENST00000301843 3272 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 ALDH1L1-205ENST00000452905 2758 ntTSL 2 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 CDIP1-205ENST00000563332 2774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 INIP-203ENST00000374242 4233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 PRKAB1-201ENST00000229328 2610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 TECR-201ENST00000215567 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 GMNN-201ENST00000230056 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 ETFB-201ENST00000309244 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 CIDEA-201ENST00000320477 828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 LINC00313-201ENST00000332440 579 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 SPDYE19P-201ENST00000338590 713 ntBASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 MB-201ENST00000359787 1170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 PIR-201ENST00000380420 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 MB-202ENST00000397326 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 MB-203ENST00000397328 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 FAM166B-201ENST00000399742 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 LSM5-207ENST00000410044 687 ntTSL 3 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 KLF2P2-201ENST00000416807 1039 ntBASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 C14orf178-202ENST00000439131 632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 GIMAP3P-201ENST00000495150 836 ntBASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 AL583722.3-202ENST00000554954 486 ntTSL 4 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 LINC01220-201ENST00000558575 715 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 RRP7BP-205ENST00000566851 833 ntBASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 AC079336.2-201ENST00000578408 927 ntTSL 3 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 BRI3BPP1-201ENST00000594224 787 ntBASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 RNA5-8SN1-201ENST00000610460 153 ntBASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 MIR6074-201ENST00000612054 107 ntBASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 RNA5-8SN5-202ENST00000612463 153 ntBASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 RNA5-8SN4-201ENST00000613359 153 ntBASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 RNA5-8SN5-201ENST00000619471 153 ntBASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 NAP1L1-201ENST00000261182 4441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 MUC20-203ENST00000436408 2463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 RRBP1-206ENST00000455029 2485 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 RMDN1-201ENST00000406452 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 ADAMTSL4-201ENST00000271643 4250 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 RBMS1-201ENST00000348849 4273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 AC237221.1-202ENST00000563054 2947 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 AL390066.1-201ENST00000456414 2302 ntTSL 2 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 SELPLG-201ENST00000228463 1704 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 AP2A2-202ENST00000448903 4575 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 RBM15-203ENST00000602849 3368 ntAPPRIS P1 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 BRWD1-204ENST00000380800 7605 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 AC003102.2-201ENST00000589195 1469 ntBASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 HIST1H2AC-203ENST00000602637 1462 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 AL139260.2-201ENST00000622355 2171 ntTSL 2 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 RAB37-203ENST00000392612 2528 ntTSL 2 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 LPP-AS2-201ENST00000605573 2852 ntBASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 ARHGEF1-203ENST00000354532 3243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 KNDC1-202ENST00000368571 3925 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 ADAMTSL1-205ENST00000380548 8030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 ATF6B-209ENST00000375201 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 ATF6B-210ENST00000375203 2620 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 ZNF135-205ENST00000511556 2253 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 AL357143.1-202ENST00000640531 5777 ntTSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 ABCA2-202ENST00000341511 8063 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 INTS6L-201ENST00000370752 3793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 LPCAT1-201ENST00000283415 3966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 PIGO-202ENST00000361778 2464 ntTSL 5 BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXA1P49639 HAO1-201ENST00000378789 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 79.9 ms