Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 AL662899.1-201ENST00000461287 2332 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CUX1P39880 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CUX1P39880 KRT23-201ENST00000209718 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CUX1P39880 CCDC159-209ENST00000588790 1408 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CUX1P39880 GALNT13-201ENST00000392825 5536 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CUX1P39880 CKMT2-203ENST00000437669 1479 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CUX1P39880 GRK5-202ENST00000392870 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CUX1P39880 NLE1-203ENST00000586869 5286 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CUX1P39880 TPO-203ENST00000346956 2923 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CUX1P39880 TBC1D4-201ENST00000377625 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CUX1P39880 NME1-209ENST00000511355 1645 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CUX1P39880 AC020763.3-201ENST00000625095 2904 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
CUX1P39880 DDX56-201ENST00000258772 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
CUX1P39880 JKAMP-202ENST00000356057 2524 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
CUX1P39880 UBAC2-202ENST00000376440 2525 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
CUX1P39880 ADGRG2-210ENST00000379878 4803 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
CUX1P39880 BTBD11-204ENST00000420571 3478 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.24
CUX1P39880 UBIAD1-201ENST00000376804 825 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 FAM178B-201ENST00000393526 1004 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 KIR2DL4-207ENST00000396293 715 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 SNORA50C-201ENST00000408535 133 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 CROT-203ENST00000419147 2959 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 AC092865.2-201ENST00000439409 971 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 CHN2-214ENST00000439711 755 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 YBX1P3-201ENST00000468366 909 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 IMMP1L-213ENST00000533642 314 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 TMEM106A-201ENST00000536052 1181 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 AC004584.1-201ENST00000572187 549 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 AC006504.5-210ENST00000585827 539 ntTSL 4 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 SNORA50.1-201ENST00000628590 135 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 ATG9A-205ENST00000409618 4025 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 ADGRB1-201ENST00000323289 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 GBAP1-208ENST00000566701 1546 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 COPS5-203ENST00000517736 1621 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 AC073324.2-201ENST00000626532 2941 ntTSL 4 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 C3orf70-201ENST00000335012 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 FAM156A-208ENST00000615092 2098 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 RNPS1-216ENST00000565678 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 ICA1-201ENST00000265577 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 CACNA1I-204ENST00000407673 5952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 UBXN2A-201ENST00000309033 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 AP5B1-201ENST00000532090 4811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 CCL17-201ENST00000219244 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 NANOS3-201ENST00000339133 581 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 AC246787.2-202ENST00000418566 370 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 AC090696.1-201ENST00000419100 418 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 AC098649.1-201ENST00000427258 569 ntTSL 4 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 TGFA-206ENST00000445399 812 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 RN7SL646P-201ENST00000492969 297 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 AC090820.1-201ENST00000519722 591 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 C12orf73-204ENST00000546819 582 ntTSL 4 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 ABCD1P3-201ENST00000562927 605 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 BIRC5-211ENST00000592734 386 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 AC011483.3-201ENST00000601506 826 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 FAHD2A-204ENST00000447036 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 PLEKHG6-202ENST00000304581 1424 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 PLCG1-201ENST00000244007 5285 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CUX1P39880 LILRB2-202ENST00000391746 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CUX1P39880 TNFSF13-201ENST00000338784 1971 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CUX1P39880 CLK4-201ENST00000316308 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CUX1P39880 CSNK1E-201ENST00000359867 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CUX1P39880 ANKRD46-205ENST00000520311 3270 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CUX1P39880 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CUX1P39880 RER1-203ENST00000378513 3000 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CUX1P39880 SLC39A1-204ENST00000368623 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CUX1P39880 LINC00552-201ENST00000625151 2579 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
CUX1P39880 CATSPERD-202ENST00000381624 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CUX1P39880 LINC01744-201ENST00000457698 2042 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CUX1P39880 NKX2-1-AS1-201ENST00000521292 1775 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CUX1P39880 KRT20-201ENST00000167588 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CUX1P39880 LINC01535-206ENST00000592712 1699 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CUX1P39880 LINC02226-201ENST00000501071 1587 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CUX1P39880 ZNF33A-205ENST00000469037 1530 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CUX1P39880 C3orf84-201ENST00000432035 669 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CUX1P39880 DUX4L31-201ENST00000446466 1136 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
CUX1P39880 AL161727.1-201ENST00000457409 530 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
CUX1P39880 TSPAN9-IT1-201ENST00000539784 562 ntTSL 4 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CUX1P39880 AC078923.1-201ENST00000552856 748 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CUX1P39880 AC009812.1-201ENST00000605948 1059 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
CUX1P39880 AL928654.5-201ENST00000624831 2501 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
CUX1P39880 SP3-203ENST00000418194 3937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CUX1P39880 AC092535.1-201ENST00000417557 2165 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CUX1P39880 ZBTB32-202ENST00000392197 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CUX1P39880 PLEKHG5-212ENST00000537245 4794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CUX1P39880 TUNAR-201ENST00000503525 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CUX1P39880 PRAMEF25-202ENST00000619661 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CUX1P39880 FOXF1-201ENST00000262426 3516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CUX1P39880 ELP4-223ENST00000640342 1392 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CUX1P39880 ST3GAL3-208ENST00000361392 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CUX1P39880 CRYZL1-205ENST00000399442 612 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CUX1P39880 AC108879.1-201ENST00000438026 828 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CUX1P39880 AC025259.1-201ENST00000550301 647 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CUX1P39880 AC133555.4-201ENST00000569081 152 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
CUX1P39880 TLE2-205ENST00000586422 389 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CUX1P39880 HR-201ENST00000312841 5351 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CUX1P39880 C6orf223-201ENST00000336600 3581 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CUX1P39880 COASY-211ENST00000590958 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CUX1P39880 NAA60-202ENST00000407558 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CUX1P39880 DGKZ-205ENST00000456247 3482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CUX1P39880 NEIL2-201ENST00000284503 2671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 77 ms