Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 RHOH-220ENST00000615083 2156 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 POLG-201ENST00000268124 4500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 RNASE4-203ENST00000555835 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 CCDC116-201ENST00000292779 2260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 NPC1-201ENST00000269228 5157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 SPRY4-202ENST00000434127 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 AL358216.1-201ENST00000451601 1657 ntTSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 APAF1-202ENST00000357310 7055 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 EBP-205ENST00000495186 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 TET2-207ENST00000513237 10166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 TET2-209ENST00000540549 10166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 ZNF800-203ENST00000393313 4358 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 GET4-202ENST00000407192 4356 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 METAP2-205ENST00000546753 1862 ntTSL 2 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 CSDC2-201ENST00000306149 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 FAM149A-202ENST00000356371 2997 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 ENO2-211ENST00000541477 2549 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 PRKRIP1-201ENST00000397912 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 MEN1-207ENST00000377326 3150 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 KIF17-203ENST00000400463 3731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 FERD3L-201ENST00000275461 640 ntAPPRIS P1 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 MYMK-201ENST00000339996 818 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 TOMM20L-201ENST00000360945 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 IGF2-201ENST00000381389 1023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 NSUN5P1-203ENST00000422386 972 ntTSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 AC037486.1-201ENST00000523792 790 ntTSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 AC138701.2-201ENST00000553634 226 ntBASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 AC140658.4-201ENST00000561990 352 ntBASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 AC103808.5-201ENST00000577797 462 ntTSL 3 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 AC137723.1-201ENST00000584705 709 ntTSL 3 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 PLIN5-202ENST00000586133 907 ntTSL 3 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 MIR6074-201ENST00000612054 107 ntBASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 PSMD5-208ENST00000625444 219 ntTSL 5 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 LINC00476-204ENST00000429781 2825 ntTSL 2 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 RBFOX3-211ENST00000583458 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF17-201ENST00000263674 7853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 MIR22HG-201ENST00000334146 1383 ntTSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 NPL-204ENST00000367554 3027 ntTSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 FHL2-206ENST00000408995 1367 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 AC010931.2-202ENST00000514871 2566 ntTSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 SLC25A19-205ENST00000442286 1496 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 SERPINA3-203ENST00000467132 2660 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 ST6GAL1-201ENST00000169298 4645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 NCOA7-203ENST00000392477 6457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 SLC25A20-202ENST00000430379 1576 ntTSL 3 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 ABCB7-202ENST00000339447 2234 ntTSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 GRIP2-204ENST00000619221 7977 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 HNRNPUL1-201ENST00000263367 2952 ntTSL 2 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 RAB37-216ENST00000613645 1653 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 KCNT1-209ENST00000490355 3708 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 ATG5-201ENST00000343245 3092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 PVR-202ENST00000344956 3166 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 TECPR1-204ENST00000447648 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 HOGA1-203ENST00000370647 1999 ntTSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 AC087386.2-201ENST00000623212 4637 ntBASIC13.91□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 CYP26B1-201ENST00000001146 4732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 TEX264-201ENST00000341333 1340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 TMEM177-202ENST00000401466 1346 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 TBCD-202ENST00000539345 3975 ntTSL 5 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 ALX4-201ENST00000329255 5750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 ARAP1-202ENST00000359373 5767 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 TNFAIP8L3-201ENST00000327536 2262 ntTSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 LINC01648-201ENST00000445180 1519 ntTSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 AC099063.4-201ENST00000641099 1602 ntBASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 PWP2-201ENST00000291576 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 ABHD16A-201ENST00000395952 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 EFHC1-227ENST00000637089 2133 ntTSL 5 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 PDE7A-203ENST00000401827 3673 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 YME1L1-202ENST00000375972 2517 ntTSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 SCYL1-201ENST00000270176 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 SNX11-202ENST00000393405 2733 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 EIF4G1-219ENST00000435046 4668 ntTSL 5 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 PERM1-201ENST00000341290 3035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 IKZF1-203ENST00000346667 5376 ntTSL 5 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 ATP5H-201ENST00000301587 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 HLA-DMA-203ENST00000395305 777 ntBASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 TP53I3-203ENST00000407482 747 ntTSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 DCAF7-201ENST00000415273 1220 ntTSL 2 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 AC105254.1-201ENST00000507782 621 ntTSL 4 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 ALG1L13P-202ENST00000519320 584 ntBASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 RTN4RL2-203ENST00000533205 637 ntTSL 3 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 PTGR1-209ENST00000538962 1200 ntTSL 2 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 TCL1A-205ENST00000555202 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 AP005901.3-201ENST00000581666 415 ntTSL 3 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 AC242426.4-201ENST00000606856 573 ntTSL 5 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 AC090386.2-201ENST00000623010 1039 ntBASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 TRIM67-201ENST00000366653 3936 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 VGLL3-202ENST00000398399 10400 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 CFAP53-201ENST00000398545 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 ZNF417-203ENST00000595559 1975 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 CYP4B1-201ENST00000271153 2171 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 NDOR1-202ENST00000371521 2497 ntTSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 VILL-202ENST00000383759 2787 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 SLC52A3-202ENST00000381944 3060 ntTSL 2 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 KDM5C-208ENST00000452825 6096 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 TNNI1-207ENST00000622580 6142 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 IRF4-201ENST00000380956 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 AP000347.1-201ENST00000417194 5004 ntTSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 KBTBD7-201ENST00000379483 4734 ntAPPRIS P1 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CCDC3Q9BQI4 AC068418.2-201ENST00000577309 3703 ntBASIC13.9□□□□□ -0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.2 ms