Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 AATBC-203ENST00000448247 1889 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 CXorf40A-212ENST00000514208 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 SMIM12-206ENST00000521580 3454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 ELAVL1-201ENST00000407627 6015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 FAM122B-203ENST00000370790 4246 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 TUBGCP5-208ENST00000620435 3342 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 NEU3-206ENST00000532963 1643 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 PAX2-202ENST00000361791 3193 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 LINC01019-201ENST00000505443 3199 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 NXF1-201ENST00000294172 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 SFRP1-202ENST00000379845 3873 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AMT-232ENST00000636199 1546 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 SPACA9-202ENST00000356311 2243 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 ACADM-201ENST00000370834 2172 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 RNF43-202ENST00000577625 2198 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 ALCAM-201ENST00000306107 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 LINC02268-202ENST00000515444 1328 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 APOBEC3D-202ENST00000427494 1961 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AP2M1-207ENST00000439647 1950 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AMDHD2-202ENST00000302956 3273 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 DSN1-201ENST00000373734 1915 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 MRPL53-201ENST00000258105 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 MUC1-201ENST00000337604 859 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 C1QBPP1-201ENST00000400117 770 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 PUDPP3-201ENST00000445368 636 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AL359815.1-201ENST00000457706 821 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AC055854.1-201ENST00000523627 570 ntTSL 4 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AP001007.1-201ENST00000526796 645 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AC005225.4-201ENST00000557330 545 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 LINC01663-201ENST00000614596 535 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AL590560.3-201ENST00000623350 461 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AL035252.4-201ENST00000624174 288 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 NTNG1-206ENST00000370071 3149 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 GPRC5A-201ENST00000014914 7362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 OR2V1-204ENST00000641551 2423 ntAPPRIS P1 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 SPOCK2-201ENST00000317376 5328 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 ZNF689-201ENST00000287461 3547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 ZMYND10-201ENST00000231749 2896 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 SNX19-213ENST00000534726 1656 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 CDH1-201ENST00000261769 4889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 SH3TC1-201ENST00000245105 4226 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 MKL1-211ENST00000618196 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 NFIC-201ENST00000341919 1573 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 EFHC1-230ENST00000637263 2089 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 MAX-205ENST00000358664 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 PDIA3P1-201ENST00000471856 1510 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 RHD-209ENST00000568195 1467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 UCP3-202ENST00000426995 1406 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 RBM10-201ENST00000329236 3201 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 BAX-201ENST00000293288 1358 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 TCL1A-203ENST00000554012 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 MNT-201ENST00000174618 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 ZFP36-203ENST00000597629 1786 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 SNRNP27-202ENST00000409116 1339 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 GFPT2-201ENST00000253778 3093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 PRAME-202ENST00000398743 2196 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 ZNF263-202ENST00000538765 1721 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 CACNG5-201ENST00000307139 926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 TCEAL3-202ENST00000372627 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 CRYAA-202ENST00000398132 826 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AC005014.1-201ENST00000432006 2976 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 RASL12-203ENST00000434605 982 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 UGT1A2P-201ENST00000454886 866 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 NAPSB-201ENST00000525179 678 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AC138123.2-203ENST00000552451 653 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AL096870.1-201ENST00000555591 930 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 RRP7BP-205ENST00000566851 833 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AC005785.1-202ENST00000597164 237 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AP005019.2-201ENST00000615104 511 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 FP236240.1-204ENST00000624932 712 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 SMPDL3B-206ENST00000549094 1611 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 YLPM1-207ENST00000552421 4899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AL772337.1-201ENST00000399186 2014 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 GPC6-201ENST00000377047 6467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 FAM78A-203ENST00000372271 3966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AC022400.8-201ENST00000623453 3599 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 ICOSLG-203ENST00000400379 4246 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 MKX-201ENST00000375790 3846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AC082651.4-201ENST00000483023 1852 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 EPB42-210ENST00000622454 2227 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 ATG4C-201ENST00000317868 2938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AC010970.1-201ENST00000445125 1848 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 VAMP2-201ENST00000316509 2153 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 SLC7A8-205ENST00000453702 1752 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 RGS6-217ENST00000555571 1764 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 FAM200A-202ENST00000449309 2480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 NEK4-207ENST00000535191 2452 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 TRIB2-202ENST00000381465 2778 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 KRT8P28-201ENST00000433288 1390 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 NCDN-201ENST00000356090 3433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 DSCAML1-203ENST00000527706 6099 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 ANKRD20A1-201ENST00000562196 3379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AP001972.5-201ENST00000624624 2338 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 ATXN2L-225ENST00000570200 3635 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 DLGAP3-201ENST00000235180 3587 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 CRY2-212ENST00000616623 4204 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 NBAT1-201ENST00000566912 1940 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 CEP126-201ENST00000263468 7039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 RPF1-202ENST00000370656 724 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 P3H2-AS1-201ENST00000412203 730 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.4 ms