Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 ALDH7A1-201ENST00000409134 4964 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 PTPN5-203ENST00000396168 2796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 MYCBP-201ENST00000397572 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 PGGHG-204ENST00000409655 2963 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 TRIM4-201ENST00000349062 3374 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 UNC13D-201ENST00000207549 4393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 GTF2I-215ENST00000614986 4415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 GTF2I-221ENST00000621734 4412 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 PROM2-201ENST00000317620 4728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 RBL1-202ENST00000373664 5684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 MRGPRF-202ENST00000320913 705 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 TSPAN4-201ENST00000346501 882 ntTSL 3 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 CIPC-201ENST00000361786 4486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 FLAD1-207ENST00000368433 2656 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 MTMR11-201ENST00000369140 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 LILRB2-202ENST00000391746 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 NGLY1-205ENST00000417874 2062 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 RCAN3-204ENST00000425530 997 ntTSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AC134915.1-201ENST00000426461 574 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 ABCD1P2-201ENST00000429313 1601 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 HOXC4-202ENST00000430889 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 WBP2-203ENST00000433525 928 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 PNPO-202ENST00000434554 1196 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 CR589904.1-201ENST00000437830 732 ntTSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 TMEM147-AS1-201ENST00000444728 487 ntTSL 3 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AC009477.1-201ENST00000452936 217 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AL451067.1-201ENST00000453111 394 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AL391069.3-201ENST00000455503 618 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 ROPN1-206ENST00000479867 2056 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 ROPN1B-202ENST00000504401 2050 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 LINC02437-201ENST00000505053 911 ntTSL 3 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 MANEAL-204ENST00000525897 1294 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 RBM15-203ENST00000602849 3368 ntAPPRIS P1 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AC012645.4-201ENST00000610691 1061 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 ASNA1-205ENST00000611688 1214 ntTSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 RDM1-227ENST00000619876 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 USP9X-202ENST00000378308 8371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 CNTNAP1-201ENST00000264638 5276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 C1orf167-202ENST00000433342 4545 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 RRBP1-202ENST00000360807 3727 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 MYO1G-201ENST00000258787 3267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 TBC1D2-204ENST00000375066 3198 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 FBRSL1-205ENST00000542061 3175 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 GALNT16-201ENST00000337827 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 H3F3B-201ENST00000254810 2705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 ATG5-202ENST00000360666 2712 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 BCL2L1-201ENST00000307677 2610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AC015921.1-201ENST00000574885 2546 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 DHX34-201ENST00000328771 4372 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 SRGAP3-201ENST00000360413 8415 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 GAB1-202ENST00000262995 7981 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 NFYC-215ENST00000456393 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 VHL-201ENST00000256474 3737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 SLC6A2-205ENST00000566163 1759 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 PSKH1-201ENST00000291041 3481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 EIF4E2-201ENST00000258416 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 PPP1R1B-203ENST00000394267 1504 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AC006974.1-201ENST00000637928 1501 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 PPARGC1B-202ENST00000360453 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 NTMT1-204ENST00000372486 1487 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AGER-206ENST00000375070 1463 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AGER-208ENST00000438221 1493 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 CARHSP1-217ENST00000611932 2833 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AC015819.3-201ENST00000624305 2674 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 ODF3-201ENST00000325113 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 ATP6V1F-201ENST00000249289 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 USE1-201ENST00000263897 843 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AC073349.1-201ENST00000340779 1062 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 COPE-202ENST00000349893 948 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 CHIA-203ENST00000353665 1214 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 PFDN6-202ENST00000374607 598 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 PFDN6-203ENST00000374610 521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 RAC2-204ENST00000406508 893 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 CDRT15-201ENST00000420162 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 TREML1-202ENST00000426005 981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AL121601.1-201ENST00000426367 326 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AL161785.2-201ENST00000427080 966 ntTSL 3 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AC092580.3-201ENST00000430932 139 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 CDRT15-202ENST00000431716 655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 SPDYE18-201ENST00000510091 1050 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AC106795.3-201ENST00000511650 547 ntTSL 4 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 AC009686.1-201ENST00000522494 364 ntTSL 3 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 CHMP4A-204ENST00000530996 967 ntTSL 3 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 RBM7-207ENST00000544582 692 ntTSL 3 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 IFT20-209ENST00000579419 787 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 MVK-217ENST00000639206 367 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 ITPR2-202ENST00000381340 11405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 ATG7-201ENST00000354449 4959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 SH2D5-201ENST00000375031 3705 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 ABCF3-201ENST00000292808 2453 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 NFATC1-204ENST00000397790 3453 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 CTR9-201ENST00000361367 4586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 JMJD6-203ENST00000445478 5303 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 NCSTN-202ENST00000368063 3031 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 MSH2-206ENST00000543555 3024 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 ATXN2L-205ENST00000395547 3981 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 SKA3-202ENST00000314759 2919 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 PCDHB19P-202ENST00000625133 2914 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 PIK3R1-213ENST00000521657 3891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC112Q8NEF3 COBLL1-225ENST00000629362 3868 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.2 ms