Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 PPT1-203ENST00000433473 2267 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 PAQR6-214ENST00000613336 1599 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 GDAP1L1-208ENST00000617075 2645 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIG1P18858 TCAF2-202ENST00000411935 2906 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIG1P18858 XIRP1-203ENST00000421646 2596 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIG1P18858 GUSBP11-206ENST00000455485 3816 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIG1P18858 IL11RA-208ENST00000555003 3008 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIG1P18858 OS9-218ENST00000551035 2246 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIG1P18858 OGFOD3-201ENST00000313056 4287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIG1P18858 UROC1-201ENST00000290868 3149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIG1P18858 CCDC126-202ENST00000409765 2324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIG1P18858 SLC4A7-207ENST00000437179 3667 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIG1P18858 MRPL17-201ENST00000288937 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIG1P18858 FAM230C-201ENST00000623511 1970 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIG1P18858 SDC2-201ENST00000302190 3759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIG1P18858 METAP1D-201ENST00000315796 3419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIG1P18858 EFHC1-230ENST00000637263 2089 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIG1P18858 TMEM63C-201ENST00000298351 5334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIG1P18858 OR2A25-202ENST00000641441 1733 ntAPPRIS P1 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIG1P18858 NRSN2-201ENST00000382285 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIG1P18858 LINC00278-201ENST00000425031 528 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIG1P18858 KLK4-202ENST00000431178 481 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIG1P18858 FAM162A-202ENST00000469967 1015 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIG1P18858 RPARP-AS1-201ENST00000473970 1297 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIG1P18858 ANAPC13-205ENST00000511751 896 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIG1P18858 AL583722.2-201ENST00000557223 663 ntTSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIG1P18858 MIR4538-201ENST00000581377 78 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
LIG1P18858 LDLRAD4-208ENST00000586765 844 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIG1P18858 PLA2G4C-AS1-201ENST00000596552 568 ntTSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIG1P18858 AC002472.3-201ENST00000640124 621 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
LIG1P18858 CYP4B1-215ENST00000640628 969 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIG1P18858 TNFRSF11A-201ENST00000269485 3591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIG1P18858 AP003392.4-202ENST00000526453 1359 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIG1P18858 FAM180B-201ENST00000538490 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIG1P18858 TMEM189-202ENST00000371652 7714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIG1P18858 PDK2-203ENST00000503176 3440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIG1P18858 POPDC2-201ENST00000264231 1679 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIG1P18858 FOXP3-204ENST00000455775 2448 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIG1P18858 NRIP3-201ENST00000309166 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIG1P18858 ARHGAP27-203ENST00000428638 4242 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.22
LIG1P18858 NFATC2-207ENST00000610033 2740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
LIG1P18858 DYNC1I1-202ENST00000359388 2843 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
LIG1P18858 CARHSP1-216ENST00000610831 2841 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.22
LIG1P18858 LAMP2-203ENST00000434600 2089 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
LIG1P18858 DNM1-212ENST00000627543 4734 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 TEX264-205ENST00000416589 1313 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 SUPT7L-203ENST00000405491 2280 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 PHACTR2-202ENST00000367582 4367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 ASS1-203ENST00000372393 1548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 FFAR4-201ENST00000371481 3605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 STRA6-203ENST00000416286 2750 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 MECP2-217ENST00000628176 1712 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 SPG11-210ENST00000558319 6426 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 HFE-202ENST00000317896 1922 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 ZNF202-207ENST00000530393 3564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 ICOSLG-202ENST00000400377 2907 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 EPAS1-201ENST00000263734 5166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 TRMT2B-206ENST00000545398 3106 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 TMPRSS12-202ENST00000551456 3336 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 EIF3G-201ENST00000253108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 TEX29-201ENST00000283547 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 ANAPC11-202ENST00000357385 881 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 MIR1908-201ENST00000410394 80 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 Z93015.1-201ENST00000451718 390 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 PRPS2-205ENST00000489404 763 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AC080188.2-201ENST00000508985 552 ntTSL 4 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 DUX4L45-201ENST00000566406 1057 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AC009134.1-201ENST00000571939 443 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AC091271.1-201ENST00000611877 1162 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 NPIPB11-202ENST00000614927 1216 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 MLLT10-216ENST00000621220 381 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 COL8A2-201ENST00000303143 4447 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 ACTL7A-201ENST00000333999 1494 ntAPPRIS P1 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 RPL13-204ENST00000452368 1455 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 NDFIP2-205ENST00000612570 4648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 APCDD1L-AS1-203ENST00000427140 2092 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 BHLHE40-AS1-204ENST00000620618 2355 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 C15orf41-208ENST00000566621 2866 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 IL17RD-201ENST00000296318 8720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 LHX6-210ENST00000559895 3587 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 NEFH-201ENST00000310624 3783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 EBLN3P-202ENST00000625445 4520 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 ARMC5-201ENST00000268314 3612 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 CARS-214ENST00000529772 2637 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 OR3A2-205ENST00000641164 2033 ntAPPRIS P1 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 LINC01285-204ENST00000634601 1947 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 AL023775.1-201ENST00000454907 1746 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 EIF4E2-201ENST00000258416 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 SMPDL3B-201ENST00000373888 1548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 RABEPK-206ENST00000628863 1537 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 PIK3R5-219ENST00000616147 4377 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 BCL2L12-211ENST00000614495 1402 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIG1P18858 SPPL2B-209ENST00000613503 3456 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 SCARB2-227ENST00000640957 3255 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 CDH16-201ENST00000299752 2954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 FDFT1-223ENST00000615631 2462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 SLC39A8-203ENST00000424970 4032 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 FAM76A-203ENST00000373949 2273 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 CCNE2-205ENST00000520509 3330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIG1P18858 CDIP1-201ENST00000399599 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68 ms