Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC28.21■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CHMP3Q9Y3E7 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.14■■■□□ 2.1
CHMP3Q9Y3E7 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.5 ms