Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC21■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC20.99■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC20.98■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC20.96■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
KLHL28Q9NXS3 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.95■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC20.95■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC20.94■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC20.94■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.93■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
KLHL28Q9NXS3 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.3 ms