Protein–RNA interactions for Protein: Q9HC56

PCDH9, Protocadherin-9, humanhuman

Predictions only

Length 1,237 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDH9Q9HC56 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
PCDH9Q9HC56 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
PCDH9Q9HC56 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
PCDH9Q9HC56 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
PCDH9Q9HC56 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
PCDH9Q9HC56 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
PCDH9Q9HC56 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
PCDH9Q9HC56 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC23.29■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCDH9Q9HC56 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PCDH9Q9HC56 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
PCDH9Q9HC56 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PCDH9Q9HC56 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
PCDH9Q9HC56 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
PCDH9Q9HC56 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC23.26■■□□□ 1.31
PCDH9Q9HC56 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
PCDH9Q9HC56 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PCDH9Q9HC56 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
PCDH9Q9HC56 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PCDH9Q9HC56 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PCDH9Q9HC56 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
PCDH9Q9HC56 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCDH9Q9HC56 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCDH9Q9HC56 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCDH9Q9HC56 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCDH9Q9HC56 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCDH9Q9HC56 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
PCDH9Q9HC56 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCDH9Q9HC56 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCDH9Q9HC56 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCDH9Q9HC56 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PCDH9Q9HC56 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PCDH9Q9HC56 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
PCDH9Q9HC56 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.5 ms