Protein–RNA interactions for Protein: Q9BWF2

TRAIP, E3 ubiquitin-protein ligase TRAIP, humanhuman

Predictions only

Length 469 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRAIPQ9BWF2 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.55
TRAIPQ9BWF2 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC24.69■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRAIPQ9BWF2 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.2 ms