Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC25.91■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC25.91■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC25.89■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
USP28Q96RU2 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC25.87■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP28Q96RU2 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP28Q96RU2 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.9 ms