Protein–RNA interactions for Protein: Q96QK1

VPS35, Vacuolar protein sorting-associated protein 35, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS35Q96QK1 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS35Q96QK1 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS35Q96QK1 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS35Q96QK1 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.7 ms