Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC27.24■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC27.21■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC27.2■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC27.2■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC27.17■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC27.17■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC27.16■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC27.16■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC27.16■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
VPS53Q5VIR6 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.9 ms